С самого начала деятельности «батька» поставил перед собой цель обеспечить оборону своего района от любого вторжения извне. Когда до Гуляйполя докатились слухи о начавшемся корниловском мятеже, там в спешном порядке был организован Комитет Спасения Революции. В то же время он не стремился к полной изоляции: принимал участие в уездных и губернских съездах, налаживал бартерную торговлю с рабочими московских мануфактур. Его работоспособность казалась удивительной, он стремился лично принять участие во всем, что происходило на подконтрольной ему территории, сосредоточил в своих руках множество общественных должностей. Тем не менее, к власти он не стремился — это подчеркивает его «официальный титул» образца семнадцатого года: «Уполномоченный Советом Крестьянских и Рабочих депутатов района, Группой Анархо-Коммунистов, Советом Профсоюза по совершению временного идейного руководства нашим революционным движением». Анархисты надеялись, что разразившаяся революция из политической, в результате которой сменяется только правящая элита, перерастет в социальную. Тогда в обществе установится новый принцип организации — безвластный.
Очернители Махно собрали немало слухов о якобы устроенной им кровавой расправе над людьми, причастными к арестам анархистов. Рассказывали даже, что он отрубил голову местному священнику и возил ее напоказ в своей тачанке. Учитывая, что в то время в Гуляйполе был расквартирован лояльный по отношению к правительству полк сербской армии, а собственных вооруженных сил у предводителя анархистов еще не было, такие «воспоминания» кажутся просто бредом. Нет, он не был святым. И порой расправлялся с врагами очень жестоко — но гораздо позже. А пока ему предстояло сделать выбор в конфликте между большевиками и Центральной Радой. Большевики в тот момент казались менее опасными, и Второй районный съезд советов провозгласил недвусмысленную резолюцию: «Смерть Центральной Раде!». Но для ее осуществления необходимо было создать боеспособную армию. И Махно совершил, казалось бы, невозможное. Он, ни дня не служивший в регулярной армии, не имевший сколько-нибудь серьезной подготовки, создал войско, с которым были вынуждены считаться гораздо лучше вооруженные и подготовленные части.
Создание вооруженных сил Гуляйполя началось с призыва записываться в «Черную гвардию». Вначале в нее вступило всего 60 человек из числа местной молодежи, к январю 1918 года она выросла до 300 человек. В большинстве своем это были крестьяне, не имевшие представления о тактике и стратегии. Поэтому ГГАК приложил массу усилий, чтобы привлечь в гвардию фронтовиков времен Первой мировой войны. В 1917 году в числе анархистов появилась будущие командиры — Ф. Щусь, П. Гавриленко, А. Марченко и другие.
Боевое крещение махновцы получили в начале 1918 года, когда Александровск был атакован гайдамаками Центральной Рады. Их целью было пропустить через район 16 казачьих эшелонов, возвращавшихся с фронта на помощь атаману Каледину. 8 января 1918 года объединенные отряды большевиков и анархистов остановили возле Кичкасского моста казачьи эшелоны и разоружили их, воспользовавшись растерянностью казаков от случайно произошедшего крушения двух первых составов. Махно выиграл свою первую битву.
После заключения Брестского мира (3 марта 1918 года) на Гуляйполе надвинулась новая опасность — объединенные немецко-украинские войска. Армию необходимо было увеличить и превратить в реальную силу. «Черная гвардия» была расформирована, а ее члены влились в состав «Вольных батальонов революции» — так называлась новая вооруженная организация, подчиняющаяся уже не ГГАК, а ревкому. Большевики помогли оружием — новая армия получила 3000 ружей и шесть орудий. Но сил было слишком мало. Махновцы вместе с большевиками отступили к Таганрогу. Нестор был вынужден уехать в Москву. Там он встретился с выдающимися анархистами — А. Боровым, Л. Черным, П. Кропоткиным, а также с большевистскими лидерами — В. Лениным и Я. Свердловым. Из бесед с политическими лидерами Махно вынес две идеи. Первая — что ему не от кого ждать помощи. Вторая — мечта о «вольном районе», который он и попытался создать.
На родину Махно приехал 4 июля 1918 года, в разгар сбора урожая. Когда страда закончилась, он создал отряд из десятка старых товарищей и объединился с партизанским отрядом Феодосия Щуся. Гетманские войска загнали объединенный отряд в Дибривский лес, занимавший площадь почти 100 гектаров. К операции по ликвидации «банды» присоединился и австрийский батальон. 30–50 повстанцев ничего не могли противопоставить такой силе, и Щусь приказал было углубиться дальше в лес. Но Махно произнес пламенную речь перед повстанцами, призывая их погибнуть в бою с врагом, — и убедил людей. Именно тогда, по легенде, пораженный Щусь произнес историческую фразу: «Отныне будь нашим Батькой, а мы клянемся умереть с тобою…»