Руководитель Администрации Президента и помощники Президента подчиняются непосредственно Президенту Российской Федерации. В свою очередь, Руководитель Администрации Президента координирует деятельность помощников Президента и распределяет вопросы, относящиеся к их ведению. Заместители Руководителя Администрации Президента – помощники Президента Российской Федерации по поручению Руководителя Администрации Президента осуществляют кадровые назначения в Администрации Президента Российской Федерации, а также решают иные организационные вопросы. Например, по поручению Руководителя Администрации Президента в случае его временного отсутствия исполняют его обязанности.
Учитывая сложившуюся в современной России вертикаль исполнительной власти, помощники Президента, пресс-секретарь Президента и руководитель протокола Президента по вопросам, отнесенным к их компетенции, имеют право обращаться к соответствующим федеральным министрам и руководителям иных федеральных органов исполнительной власти, а также по решению Президента Российской Федерации могут возглавлять самостоятельные подразделения Администрации Президента и обеспечивать деятельность Государственного совета, иных совещательных и консультативных органов при Президенте Российской Федерации.
В несколько иной административной иерархии находятся советники Президента. Они подчиняются непосредственно Президенту Российской Федерации и образуют аппарат советников Президента Российской Федерации, в состав которого входят департаменты, обеспечивающие их деятельность. Руководитель Администрации Президента лишь координирует деятельность советников Президента Российской Федерации и распределяет вопросы, относящиеся к их ведению. При подготовке докладов Президенту Российской Федерации его советники имеют право запрашивать от федеральных министров и руководителей иных федеральных органов исполнительной власти информацию по вопросам, отнесенным к их компетенции.
Еще одной более-менее самостоятельной административно-структурной единицей Администрации Президента являются полномочные представители Президента Российской Федерации в федеральных округах
. Их деятельность координирует Руководитель Администрации Президента. В свою очередь, деятельность полномочных представителей Президента Российской Федерации в Совете Федерации Федерального Собрания и Государственной Думе Федерального Собрания Российской Федерации, Конституционном Суде Российской Федерации координирует заместитель Руководителя Администрации Президента – помощник Президента Российской Федерации, определяемый Руководителем Администрации.В настоящее время Российская Федерация подразделяется на восемь федеральных округов:
Центральный федеральный округ
включает Белгородскую область, Брянскую область, Владимирскую область, Воронежскую область, Ивановскую область, Калужскую область, Костромскую область, Курскую область, Липецкую область, Московскую область, Орловскую область, Рязанскую область, Смоленскую область, Тамбовскую область, Тверскую область, Тульскую область, Ярославскую область с центром федерального округа в г. Москве;Северо-Западный федеральный округ
включает в себя Республику Карелия, Республику Коми, Архангельскую область, Вологодскую область, Калининградскую область, Ленинградскую область, Мурманскую область, Новгородскую область, Псковскую область, Ненецкий автономный округ с центром федерального округа в г. Санкт-Петербурге;Южный федеральный округ
включает Республику Адыгея (Адыгея), Республику Калмыкия, Краснодарский край, Астраханскую область, Волгоградскую область, Ростовскую область с центром федерального округа в г. Ростове-на-Дону;Северо-Кавказский федеральный округ
: Чеченская Республика, Республика Дагестан, Республика Ингушетия, Республика Северная Осетия – Алания, Республика Кабардино-Балкария, Республика Карачаево-Черкесия и Ставропольский край с центром в г. Пятигорске;Приволжский федеральный округ
включает Республику Башкортостан, Республику Марий Эл, Республику Мордовия, Республику Татарстан (Татарстан), Удмуртскую Республику, Чувашскую Республику, Кировскую область, Нижегородскую область, Оренбургскую область, Пензенскую область, Пермский край, Самарскую область, Саратовскую область, Ульяновскую область с центром федерального округа в г. Нижний Новгород;Уральский федеральный округ
включает Курганскую область, Свердловскую область, Тюменскую область, Челябинскую область, Ханты-Мансийский автономный округ – Югра, Ямало-Ненецкий автономный округ с центром федерального округа в г. Екатеринбурге;