Хотя Канарис, как и остальные участники заговора, был разочарован уступчивой позицией Чемберлена в сентябре 1938 г., он, однако, из всего этого не сделал заключения, что Великобритания и дальше будет безропотно при всех обстоятельствах соглашаться с захватническими планами Гитлера. Вооружение, которое началось в Англии сразу после Мюнхенского соглашения, каким бы оно ни было скромным по сравнению с лихорадочным темпом подготовки к войне в Германии, доказало ему, что приближается момент, когда Британская империя со всей своей мощью выступит против Гитлера. Он не улыбался, когда его знакомые, вернувшиеся из Англии, рассказывали ему о призывах в широких кругах британского населения выступить крестовым походом против Гитлера, в котором люди начинали видеть антихриста.
В противоположность большинству руководящих политиков и военных в Германии Канарис имел очень четкое и в основном правильное представление о характерных качествах, физической и моральной стойкости и выдержке английского народа. Он достаточно хорошо знал британскую историю, чтобы понимать, что военная мощь Британии всегда заключалась не в совершенной подготовке, а в неслыханной стойкости в сочетании со способностью к импровизации.
Весной 1939 г. он обсуждал с одним знакомым, который выполнял поручение в Британии, целый ряд сообщений политического характера, которые поступили к нему в последнее время из Лондона. Из них следовало, что во влиятельных кругах Англии обсуждают «теорию молниеносной войны», нашедшую широкое распространение среди немецких военнослужащих. Они повсеместно осознали, что на Великобританию на первых этапах войны (а она может длиться годами) огромная немецкая военная машина обрушит тяжелые удары. Однако эти удары никогда не принесут Германии победу. Потому что у Англии имеется большое преимущество в отношении стратегического положения, которое заключается не в том, что Англия лежит на острове, а в том, что неизмеримы энергетические источники империи, не говоря уже о Соединенных Штатах, которые находятся совершенно за пределами досягаемости немецкой военной техники, в то время как ни одно из жизненно важных сооружений в германском рейхе нельзя будет продолжительное время беречь от британских бомб. Медленно, но неуклонно британский военный потенциал вместе с военным потенциалом союзных держав преодолеет немецкий и через несколько лет Германия будет повергнута. Канарис заявил, что его мнение в основном совпадает с этими британскими аргументами и он попытается довести их до Кейтеля и руководства в армии и флоте. «Но, — добавил он с кривой усмешкой, — мне не повезет».
Когда состоялась эта беседа, вторжение в Прагу стало уже свершившимся фактом. Канарис смотрел на все происходившее с некоторым фатализмом. Он заранее отлично понимал, что вскоре после успеха Гитлера в судетском вопросе ни один генерал не отважится участвовать в восстании. Он также заранее знал, что западные державы хоть и поднимут большой шум, но практически не сделают из присоединения Чехословакии никаких непосредственных выводов, во всяком случае, не предпримут никаких военных мер. Уж если ради Бенеша не допустили начала военных действий, то ради Гахи наверняка ничего не предпримут, тем более что — Канарис хорошо это знал — британское вооружение, в частности, противовоздушная оборона, не слишком далеко продвинулось по сравнению с прошлой осенью. Несмотря на это он не сомневался, что эта новая военная прогулка будет иметь для дальнейших планов Гитлера печальные последствия. В действительности фюрер ведь некоторое время воображал, что его проделка с Чехословакией через несколько недель будет забыта.
16 марта Канарис сам прибыл в Прагу, чтобы там присутствовать при передаче ему так называемого второго бюро чехословацкого генерального штаба (это было, как и во Франции, названием секретной службы связи, т. е. разведки). Его сопровождали два бывших офицера австрийского генерального штаба, один из которых был последним австрийским военным атташе в Праге. Ехали в автомобиле через покрытые снегом горы в Богемию. Во время поездки Канарис и его сопровождающие по-разному отметили недостатки в моторизации введенных немецких войск. Канарис был в плохом настроении. Он снова стал осуждать чехов за то, что они не оказали Гитлеру никакого сопротивления.
Заявления о помощи, которую предлагали Чехословакии Англия и Польша вскоре после введения германских войск в Прагу, укрепили Канариса в его мнении, что чаша терпения в Лондоне наполнилась до краев и что при следующем акте насилия она переполнится.
Начало переговоров между западными державами и Советским Союзом о гарантии безопасности для Польши он воспринял как следующий знак предостережения. По случаю доклада у Гитлера в мае он смог констатировать, что и Гитлер убедился в том, что присоединение Чехии не скоро забудется; одновременно создалось впечатление, что Гитлер затевает какие-то совершенно новые планы, о том что речь идет о сближении со Сталиным, ему не сразу могло прийти в голову.