«…С момента свержения в Сибири советской власти большевики ушли в подполье, энергично продолжая свою работу. Отогнанные правительственными войсками от центров железнодорожной магистрали, они ушли частью в тайгу, частью в отдаленные от центров селения, где оправлялись от ударов, собирались с силами. Поддерживая оживленную связь с хорошо законспирированными городскими ячейками, большевикам время от времени удавалось вызывать местные восстания, не носившие, однако, серьезного характера. Сибирь всегда таила в себе массу бродяжного, таежного и уголовного элемента, к которому присоединялись разбитые в боях в середине 1918 г. с чехословаками и белыми русскими и бежавшие в тайгу красногвардейцы (Красной армии, как известно, в продолжении первой половины 1918 года еще не существовало). Комиссары, в большинстве уголовные преступники, прошедшие тяжелую школу каторги, умели использовать активный преступный элемент. Вокруг них группировались социальные отбросы городов и сел, при любом строе готовые на грабежи и убийства. Красногвардейцы из военнопленных мадьяр опасались, что в случае поимки их ждет неминуемая смерть, главным образом, со стороны чехов, не дававших им никакой пощады. Они предпочитали укрываться в тайге и, присоединяясь к разбойничьим шайкам, спасались от голодной смерти. Пользуясь сибирскими безлюдными пространствами и тайгой, большевики учли невозможность организации их врагами правильной с ними борьбы.
Они продолжали накапливать свои силы, организовывая исподволь восстания. В средствах у них недостатка не было, так как они при побеге успели захватить награбленные в казначействах и Государственных банках денежные знаки и золото.
30 ноября в Тюмени большевикам удалось взбунтовать мобилизованных омским правительством новобранцев. Произошла кровавая свалка. Убито и ранено было несколько десятков чинов администрации и милиции. Благодаря подоспевшей воинской части бунт был скоро подавлен, и наиболее виновные, в числе которых оказались комиссары, были расстреляны. Через некоторое время большевики подняли восстание в Мариинском уезде на станциях Камарчага и Иланской Сибирской железной дороги. Эти восстания кончились для них также неудачно. Правительственным войскам не стоило большого труда восстановить порядок. При ликвидации восстаний зачинщики главари обыкновенно уходили своевременно, а страдающим элементом оказывалась слепая толпа, соблазнявшаяся возможностью погромить начальство и пограбить богатых людей.
Непрекращающиеся восстания в тылу Сибирской армии, сражавшейся на главном фронте, создали крайне напряженную атмосферу в Омске, откуда часто приходилось посылать специальные, преимущественно казачьи отряды, для их подавления. Бунты носили крайне жестокий, зверский характер. Партизаны, предводительствуемые коммунистами, бесчеловечно убивали и истязали правительственных чиновников, офицеров и солдат.
Вот характерная выдержка из протокола осмотра трупов погибших во время крестьянского бунта в Мариинске, Томской губернии.
«…В город привезли пять трупов офицеров. У каждого из них вырезаны ремни из спины. Медицинским осмотром трупов установлено, что ремни были вырезаны у живых. Все офицеры, взятые крестьянами в плен, варварски перебиты» (Заря. Томск. 5 февраля 1919 г.). Такие сообщения часто появлялись в повседневной печати
Тяжесть борьбы с партизанскими восстаниями в тылу легла преимущественно на, так называемые, отряды особого назначения, организованные казачьими офицерами, по местному названию – атаманами, Красильниковым, Волковым, Катанаевым и Анненковым еще задолго до ноябрьского переворота.
После переворота большевики получили неожиданно для себя весьма ценных союзников в лице подпольных организаций эсеров, энергично взявшихся за «работу».
После изгнания Авксентьева, Зензинова и Аргунова из Омска эсеровские организации повели из подполья объединенную с большевиками работу по свержению правительства. К тому же времени стало известно о начавшихся переговорах между советским правительством и некоторыми лидерами эсеровской партии о примирении. Сообщались имена членов партии Вольского, Шмелева, Падвицкого и др., протянувших руку советскому правительству и уехавших через уфимский фронт в Москву. Омск, как и вся Сибирь, был наполнен эсеровскими агентами, укрывавшимися в общественных и государственных учреждениях. Город кишел также большевистскими агентами, официально выступавшими под фирмой эсеров. На окраине Омска находился большой концентрационный лагерь, в котором содержалось несколько тысяч пленных мадьяр и красногвардейцев. Лагерь охранялся чехословацкими и русскими отрядами. Можно понять, какой опасности подвергалось только что возникшее правительство адмирала Колчака и в каком нервном состоянии жила тогдашняя резиденция правительства.