Всего за годы Великой Отечественной войны орденом Ушакова 1 — й степени было награждено 25 человек, орденом Нахимова 1-й степени — 75, орденом Ушакова 2-й степени — 182, орденом Нахимова 2-й степени — 458 моряков. Более 14 тысяч военморов были удостоены медали Ушакова и более 12 800 — медали Нахимова. Орденами Ушакова и Нахимова награждались также части и соединения ВМФ.
В приказе № 371 Верховного главнокомандующего от 22 июля 1945 года дана следующая оценка Военно-морскому флоту: «В Великой Отечественной войне советского народа против фашистской Германии Военно-Морской Флот нашего государства был верным помощником Красной Армии.
В период обороны и наступления Красной Армии наш флот надежно прикрывал фланги Красной Армии, упиравшиеся в море, наносил серьезные удары по торговому флоту и судоходству противника и обеспечил бесперебойное действие своих коммуникаций. Боевая деятельность советских моряков отличалась беззаветной стойкостью и мужеством, высокой боевой активностью и воинским мастерством. Моряки подводных лодок, надводных кораблей, морские летчики, артиллеристы и пехотинцы восприняли и развили все ценное из вековых традиций русского флота.
На Балтийском, Черном, Баренцевом морях, на Волге, Дунае и Днепре советские моряки за четыре года войны вписали новые страницы в книгу русской морской славы. Флот до конца выполнил свой долг перед Советской Родиной».
Советский Военно-морской флот в годы войны главным образом содействовал сухопутным войскам, а также действовал по защите своих баз и коммуникаций, нарушению морских перевозок врага, осуществлял высадку десантов. Морская авиация, подводные лодки и торпедные катера потопили свыше 1300 боевых кораблей и вспомогательных судов противника, флот сформировал и передал фронтам 42 бригады морской пехоты. За успешное выполнение задач Балтийский, Черноморский, Северный и Тихоокеанский флоты были награждены орденами Красного Знамени. 223 соединения частей и кораблей были награждены боевыми орденами, многие из них стали гвардейскими, удостоены почетных наименований. В ходе Великой Отечественной войны получило дальнейшее развитие советское военно-морское искусство. В совместных действиях армии и флота была выработана стойкая система подготовки и проведения десантных операций, решен вопрос о роли и месте морской пехоты. Опыт борьбы на коммуникациях способствовал достижению оперативного взаимодействия между разнородными силами флота. Получила дальнейшее развитие тактика использования различных классов кораблей и авиации флота. Правильные выводы сделала советская военная наука о возрастании роли в войне на море подводных лодок и авиации, которые превратились в главные ударные силы флота.
Что касается главкома ВМС адмирала Н. Г. Кузнецова, то его талант как флотоводца высветился именно в годы Великой Отечественной войны. Этот период стал периодом взлета, творческих и духовных сил, расцвета организаторских способностей легендарного адмирала.
Бои на Балтике
В предвоенный период СССР принял ряд мер по укреплению своих западных границ. Военно-морской флот получил возможность базировать свои корабли на Таллин, Либаву и другие незамерзающие порты. На островах Эзель и Даго началось строительство аэродромов и боевых батарей. В 1940 году на арендованном у Финляндии полуострове Ханко создается военно-морская база. На островах Осмуссар и Хиума были оборудованы мощные батареи береговой обороны. Во взаимодействии с батареями на полуострове Ханко они надежно закрывали предполагаемому противнику вход в Финский залив.
В июне 1940 года Военный совет, штаб, политуправление и тыл Балтийского флота со многими службами и подразделениями отбыли на теплоходе «Сибирь» в Таллин. Кронштадт остался важной тыловой ремонтной и снабженческой базой флота. С этого времени началось интенсивное освоение новых районов Балтики. Но времени оставалось мало. Приближалась война.
19 июня 1941 года командир военно-морской базы в Либаве М. С. Клевенский получил приказ о переводе всех воинских частей на готовность номер два. 21 июня в 23 часа 40 минут на военно-морской базе была объявлена готовность номер один. Об этих приказах немедленно извещается командир 67-й стрелковой дивизии генерал Н. А. Дедаев.
22 июня в 4 часа утра гитлеровцы начали свое вторжение на СССР в районе Полангена (Паланга), а вражеская авиация стала бомбить аэродром в Либаве.
Противнику не удалось с ходу захватить Либаву, бойцы 67-й стрелковой дивизии и военно-морской базы отразили первый натиск врага. Тем не менее к исходу 25 июня фашисты, прорвались к судостроительному заводу «Тосмаре». Командир эсминца «Ленин» капитан-лейтенант Ю. М. Афанасьев принял единственно правильное решение — взорвать ремонтируемые подводные лодки и свой корабль. После этого моряки с боем прорвались в Таллин. Позднее командир эсминца Ю. М. Афанасьев был несправедливо обвинен в панике и расстрелян. После войны, спустя годы, восстановили доброе имя офицера, выполнившего свой долг перед Отечеством.