Благодаря героизму защитников Либавы молниеносной атаки у захватчиков не получилось, они понесли большие потери. Тем не менее город — военно-морская база — мог продержаться дольше. Нарком флота Н. Г. Кузнецов еще перед войной настаивал в Генеральном штабе о тесном взаимодействии сухопутных и морских частей, о едином командовании военно-морских баз и прибрежных городов. Однако в Генеральном штабе тогда одержало верх другое мнение.
Уже после войны адмирал признал, что в Либаве следовало иметь военно-морскую базу лишь для временного базирования небольших сил. Ошибкой Наркомата ВМФ он считал развертывание в Либаве военно-морского училища противовоздушной обороны.
События развивались стремительно, немцы захватили Ригу и начали бои за Таллин — главную базу Балтийского флота. Таллинский порт был расположен в Финском заливе и недостаточно защищен от противника, рейд не был оборудован добротными бонами и сетями.
Н. Г. Кузнецов незадолго до боевых действий в Прибалтике предусмотрительно увел из Таллина в Кронштадт линкор «Марат». Из Либавы в Усть-Двинск перешел отряд легких сил. В июле 1941 года, когда уже шла война, с большим риском из Таллина был перебазирован еще один линкор «Октябрьская революция». Из Таллина было вывезено около 15 тысяч тонн технического имущества, в том числе базовые запасы эскадренных миноносцев, аккумуляторные батареи для подводных лодок: баббит, листовая и сортовая сталь, цветные металлы, электрооборудование, кабели, провода и другие материальные ценности. Эти запасы позволили осуществлять ремонт кораблей флота в течение двух лет блокады в Ленинграде.
Угроза захвата главной военно-морской базы — Таллина требовала принятия неотложных мер в организации обороны.
Первое, что предпринял нарком флота Н. Г. Кузнецов, поддержал мнение руководства Балтийского флота о местопребывании флагманского командного пункта Военного совета (ФКП) в Таллине. Военный совет со штабом флота мог организовать и возглавить оборону города и военно-морской базы.
Во время доклада в Ставке адмирал Н. Г. Кузнецов внес вопрос о нахождении флагманского командного пункта Военного совета на военно-морской базе. На что И. В. Сталин отметил: «Таллин нужно оборонять всеми силами», а это высказывание вождя было принято военными как одобрение решения наркома флота.
Оборона Таллина проходила в невыгодных для моряков условиях. Мощный каток немецкой армии еще не потерял своей наступательной силы. 10-й стрелковый корпус 8-й армии отступил к Таллину в последний момент. Командованию флота вместе с моряками и гражданским населением города удалось создать три мощных оборонительных рубежа. Достаточно сказать, что главная оборонительная полоса включала в себя 39 километров противотанковых рвов, 10 тысяч бетонных, пять тысяч металлических и шесть тысяч деревянных надолбов, 60 километров проволочных заграждений, орудийно-пулеметные доты. Враг мечтал овладеть городом еще в июле, но в упорных боях был остановлен. Гитлеровцам пришлось в спешном порядке перебрасывать под Таллин дополнительные части и артиллерию.
19 августа 1941 года вновь ожесточились бои за военно-морскую базу. Геройски сражались с врагом пехотинцы, моряки, артиллеристы и экипажи бронепоездов. Доблестно воевал в те дни добровольческий отряд под командованием полковника И. Г. Костикова. Еще на дальних подступах к Таллину он на своем участке в течение месяца сдерживал натиск врага.
22 августа превосходящие силы противника окружили героический отряд. «Идем на прорыв!» — скомандовал командир. Бойцы прорвали кольцо и вышли из окружения. Тяжело раненный И. Г. Костиков, понимая, что за ним будут охотиться фашисты, и не желая попасть в плен, застрелился.
День и ночь вели огонь по скоплениям живой силы и техники врага боевые корабли — крейсер «Киров», лидеры «Ленинград» и «Минск», эскадренные миноносцы «Скорый», «Сметливый», «Свирепый», «Гордый», «Славный», «Яков Свердлов», «Володарский», «Артем», «Калинин». Только 23–24 августа они выпустили по врагу более тысячи крупнокалиберных снарядов. В эти дни 61-я и 217-я пехотные дивизии противника имели наибольшие потери в личном составе. Подверглась ожесточенным ударам и 291-я пехотная дивизия, переброшенная под Таллин с нарвского направления.
В дни обороны Таллина героически сражался электрик с лидера «Минск» комсомолец Евгений Никонов. Во время разведки на хутор Харку он попал в плен. Когда моряки выбили врага с хутора, на окраине парка был обнаружен возле потухшего костра в окровавленной тельняшке матрос Е. Никонов. Пленные фашисты рассказали, что разведчики попали в засаду. Тяжело раненный электрик с лидера «Минск» был подвержен зверскому допросу, ему выкололи глаза, пытали огнем, но балтийский моряк не дал врагу сведений о своей части. Командующий флотом В. Ф. Трибун своим приказом навечно занес имя моряка-героя в списки экипажа лидера «Минск», а также одной из школ учебного отряда Балтийского флота.
В 1957 году Евгению Никонову было посмертно присвоено звание Героя Советского Союза. И таких подвигов было немало во время героической обороны Таллина.