Печальный опыт, полученный в Таллине, моряки более успешно использовали при эвакуации войск из Одессы и Севастополя.
В первые годы войны балтийцы вели ожесточенные бои за Моонзундский архипелаг, ключевые острова Финского залива — Осмуссар, Хиума, Гангут, Эзель, Даго и полуостров Ханко. Военно-морские базы и острова многих дней и ночей 1941 года оттягивали на себя силы неприятеля от направления главного удара: Либава — пять дней обороны, Таллин — 24 дня, Моонзундский архипелаг — полтора месяца, Гангут — 164 дня, Осмуссар — 165 дней.
Позднее адмирал Н. Г. Кузнецов в своих воспоминаниях писал: «Основная мощь Моонзунда заключалась в стационарных батареях. Они делали прочной оборону на каждом рубеже. Не будь этого, три немецкие дивизии, брошенные на захват архипелага, могли оказаться под Ленинградом в самый критический период борьбы за город». Нарком ВМФ вспомнил один из последних дней июля 1941 года, когда И. В. Сталин внес предложение снять часть артиллерии с островов Моонзундского архипелага и перебросить ее для обороны Москвы. Тогда адмирал Н. Г. Кузнецов в категоричной форме высказал свое несогласие с мнением вождя, он предвидел необходимость артиллерии архипелага для обороны Ирбенского пролива, ключевого для Финского залива. Как показали последующие события, легендарный нарком флота оказался прав.
Эвакуация военно-морской базы на полуострове Ханко стала последней крупной операцией на Балтийском морском театре в 1941 году. Более двадцати двух тысяч защитников Ханко были благополучно доставлены в Кронштадт и участвовали в обороне Ленинграда. В ночь с 1 на 2 декабря 1941 года базовый тральщик № 205 снял непобежденных защитников гарнизона острова Осмуссар.
В конце августа адмирал Н. Г. Кузнецов был вызван в Ставку, где вновь напомнили о том, что ему необходимо выехать на Балтийский флот.
Однако в ходе обсуждения сложившегося под Ленинградом положения принимается решение послать в Северную столицу комиссию ГКО, в которую вошел и нарком ВМФ Н. Г. Кузнецов.
Горестно было наркому Н. Г. Кузнецову смотреть на линейные корабли — гордость Балтийского флота. Линкор «Октябрьская революция» стоял у стенки Балтийского завода, отражая атаки немцев на Ленинград и перенося все тяжести блокады города. Вражескими снарядами у него была разрушена носовая часть, но пушки безотказно действовали, отбиваясь от налетов немецкой авиации и точно стреляя по батареям противника. Еще сильнее пострадал линкор «Марат», у которого взрывом разрушило всю носовую часть до второй башни; он также участвовал в обороне Ленинграда, но уже никогда больше не вышел в море. До войны никто из высшего военного руководства страны не мог предполагать, что линкоры, крейсеры и эсминцы Балтийского флота могли с большим успехом выполнять свои задачи на Северном флоте.
Обстановка осложнялась с каждым днем. Солдаты рейха разглядывали в бинокль купол Исаакия, мечтали захватить «гнездо большевизма», лихо пройтись маршем по знаменитой Дворцовой площади, войти в Зимний дворец — Эрмитаж, где русские совершили свою революцию…
И. В. Сталин, осознавая всю тяжесть положения осажденного Ленинграда, приказал заминировать корабли и взорвать их, если не будет другого выхода. На Балтийском флоте, в соответствии с телеграммой, подписанной И. В. Сталиным, Б. М. Шапошниковым и Н. Г. Кузнецовым, велась предварительная работа по составлению плана уничтожения кораблей в случае захвата города. Премьер-министр Великобритании Уинстон Черчилль, осведомленный о критическом положении Ленинграда и возможности уничтожения Балтийского флота, предлагал «возместить частично ущерб» в случае «уничтожения советских кораблей в Ленинграде». Советское правительство ответило, что если придется пойти на это, то «ущерб должен быть возмещен после войны за счет Германии».
Во время своих поездок на фронт нарком ВМФ Н. Г. Кузнецов обязательно посещал морские части на переднем крае фронта. В этот раз у него состоялась встреча с моряками и командирами 301-го отдельного артиллерийского дивизиона Ленинградской Военно-морской базы. Дивизион состоял из пяти батарей 120-миллиметровых орудий и одной 180-миллиметровых. Из-за близости переднего края, малого количества боеприпасов и огромного желания бить ненавистного врага широкое распространение в артиллерийской части получило снайперство. Удачное сочетание шквального артиллерийского удара и меткого выстрела принесло дивизиону широкую известность на фронте.
Адмирал Н. Г. Кузнецов выступил перед артиллеристами, в свою очередь защитники ленинградских рубежей поделились боевым опытом, рассказали о своих успехах в боях с гитлеровскими захватчиками.