О составе, ожидаемом росте, возможностях и задачах, которые сможет решать КБФ в случае войны, Лев Михайлович докладывал в конце года командарму 1 ранга Б. М. Шапошникову, назначенному командующим Ленинградским военным округом. С Борисом Михайловичем Галлер познакомился еще в 1925 году — тогда он в первый раз принял командование ЛВО. Они понравились друг другу: много общего было у командующего округом и начштаба Морских сил. Возраст, срок начала военной службы, можно сказать, одинаковы. Оба прошли, не отлынивая, нелегкую воинскую школу до первой мировой войны: один в полку, другой на линкорах, оба воевали, после революции служили в Красной Армии и Красном Флоте. И еще, это главное, их сближала преданность делу, увлеченность, поиск нового. Планы взаимодействия войск округа и флота Галлер отрабатывал с начштаба округа, но Шапошников и сам часто принимал участие в работе — предлагал свое, спорил, доказывал… Потом выяснилось, что общее у них и в любви к книге, к военной истории. Лев Михайлович показал свою библиотеку: изданные при Петре I морские книги, фолианты описаний путешествий по океанам (многое перешло к нему от дядюшки-географа), «Морские сборники», начиная с самого первого… Было что показать и Шапошникову. А потом, встречаясь, говорили о роли штабов, их организации и методах работы, сравнивали системы проведения маневров и учений в армии и на флоте. Б. М. Шапошников писал «Мозг армии» — три тома этой интереснейшей работы вышли в 1927 и в 1929 годах. Со временем они встали на книжную полку в кабинете Льва Михайловича. А тогда Шапошников давал ему читать отдельные фрагменты, не говоря, что это будет книга… В. А. Белля вспоминал что на первом томе «Мозга армии» была дарственная надпись автора: «Уважаемому Льву Михайловичу — с признательностью».
И вот спустя почти десятилетие воинская служба свела их вновь. Весь 1936 год они дружно и творчески работали вместе. Растущие силы КБФ позволили внести много нового в планируемые операции по взаимодействию войск и флота на приморском фланге. Все это начало отражение в разработке их штабами оперативных документов, которые использовались в дальнейшем и в боевой подготовке, и во время войны с Финляндией в 1939–1940 годах. Со стороны КБФ этой работой непосредственно руководил начальник штаба флагман 2 ранга А. К. Сивков. Галлер, однако, и сам принимал в ней деятельное участие.
Хорошо работалось Льву Михайловичу в последний год командования КБФ. Глубочайшее удовлетворенно доставляло претворение в жизнь планов укрепления на Балтике флота. В самом деле, в 1936 году в строй вошел минный заградитель «Марти», способный принять около 400 мин, подводные лодки типа П, Щ и М, на верфях нарастал темп строительства эсминцев проекта № 7 и крейсера «Киров». Продолжала получать новые катера типа Г-5 бригада торпедных катеров. В ее составе имелся и дивизион торпедных катеров, управляемых по радио — с самолета или корабля. Но комфлот не ослаблял внимания и к кораблям, построенным или заложенным еще до революции. Важнейшим элементом боевой мощи КБФ оставались линкоры «Марат» и «Октябрьская революция». На «Октябрине», как любовно называли линкор на флоте, в 1934 году была закончена модернизация. И на этом линкоре появился командно-дальномерный пост, что коренным образом улучшило управление огнем артиллерии главного калибра, в башнях установили новые дальномеры. Кроме того, усилилась зенитная артиллерия линкора, 25 ранее имевшихся котлов заменили на 12, работающих на мазуте. Возросли дальность плавания и мореходность корабля. А эсминцы «новики», прошедшие капитальный ремонт, получавшие новую зенитную артиллерию, оставались его любовью. Бригадой вновь командовал Г. Г. Виноградский — лучшего комбрига, считал Галлер, и быть не может. У каждого моряка есть корабли, которым отдано сердце; Галлер с давних лет восхищался «новиками», кораблями надежными, прочными, был уверен, что они не подведут, если грянет военная гроза. И оказался прав.
Как-то при очередной встрече Б. М. Шапошников сказал Галлеру, что недавно был в Москве, докладывал Сталину и Ворошилову по нуждам своего округа. «Товарищ Сталин спросил меня о вас, поинтересовался, дружно ли мы работаем. Разумеется, я отозвался весьма лестно. В чем дело — не знаю…» — Шапошников развел руками. «Что ж, вопрос обычный — где-то, может быть, и не сработались округ и флот», — ответил Галлер.
Но вопрос, видимо, был задан не напрасно. В конце 1936 года Л. М. Галлер простился со своим флотом. Он получил новое назначение — заместителем командующего ВМС РККА. Тем самым Лев Михайлович Галлер становился правой рукой коморси флагмана флота 1 ранга В. М. Орлова. Именно он и предложил наркому Ворошилову назначить Галлера своим заместителем.