Нимиц и Макартур быстро отказались от утверждения, гласившего, что никакие сухопутные войска никогда не будут находиться под командованием адмиралов. Они отвергли старый. британский план десантного штурма, предусматривавший двух равноценных командующих — генерала и адмирала; вместо него была выбрана американская система, впервые опробованная при вторжении в Северную Африку 1 ноября 1942 года, Согласно этому плану, десантом командовал только один офицер, в зависимости от стадии высадки — сначала адмирал, затем генерал. Суть плана десантной атаки на Кюсю была изложена в секретном документе главнокомандующего Тихоокеанским флотом и тихоокеанской зоной от 19 мая 1945 года:
«Командующий Пятым флотом контролирует передвижения и высадку десанта через командующего десантными войсками Тихоокеанского флота, который, в свою очередь, контролирует атакующие войска или командиров групп, ответственных за действия десанта на соответствующих направлениях…
Контроль над отрядами на берегу переходит к командиру каждой десантной дивизии или отдельного высаживающегося отряда после достижения им берега и закрепления на нем, а также по его уведомлении командира соответствующей военно-морской группы атаки о том, что он готов принять командование силами на берегу…
Контроль над отрядами на берегу переходит к каждому армейскому командиру с соответствующей зоной действий после достижения им берега и закрепления на нем…
Контроль над войсками на берегу переходит к командующему 6-й армии Соединенных Штатов после извещения им десантных войск Тихоокеанского флота о том, что он готов принять, командование отрядами на берегу».
Рост Центральных Тихоокеанских сил наконец позволил адмиралу Нимицу разделить Пятый и Третий флот. Пятый флот, под командованием адмирала Спрюэнса должна была начать операцию «Олимпик», поддерживая и контролируя ход высадки десанта на Кюсю. Эта флотилия, в состав которой входили десантные отряды адмирала Тернера и некоторое количество быстроходных авианосцев, образовала оперативное 58-е соединение под командованием вице-адмирала Фредерика Шермана. Третий флот адмирала Хэлси была теперь почти полностью самостоятельным. Он состоял из остальных быстроходных авианосцев (оперативное 38-е соединение) и Британского Тихоокеанского флотилий (оперативное 37-е соединение). 3-я флотилия, подкрепленная десантными силами, должна была начать операцию «Коронет», поддерживая и контролируя ход высадки на Хонсю. Вице-адмирал Роулингс (Королевский флот, Великобритания) был командиром оперативного 37-го соединения. Вице-адмирал Маккейн, чье здоровье ухудшилось, был сменен вице-адмиралом Джоном Тауэрсом на посту командира оперативного 38-го соединения.
Если бы освобождение от должности Маккейна было запланированным, Джон Тауэрс получил бы в конце концов команду к бою, которой он так ждал. Однако, как оказалось, он получил ее уже после сражения. Нимиц никогда не питал теплых чувств по отношению к Тауэрсу, но он видел его способности и верность профессионального мышления. Кроме того, Тауэрс выполнял свои обязанности честно и со знанием дела. Нимиц рекомендовал его для командования авианосцем, и Кинг с неохотой согласился.
Окончательное поражение европейской Оси, отмеченное капитуляцией Германии 8 мая 1945 года, в штабе главнокомандующего Тихоокеанской эскадрой ни для кого не стало неожиданностью. Единственное, что удивляло — это то, как смогли немцы продержаться так долго. Конечно, все тихоокеанские командиры были безмерно рады победе союзников. Однако Нимиц не считал, что она поможет справиться с его собственной задачей. Годом раньше Нимиц, конечно, горячо приветствовал бы эту победу, поскольку она предоставила бы в его распоряжение большее количество людей и авиатехники для борьбы с Японией. Теперь он был уверен, что блокада и бомбардировки заставят японцев сдаться до того, как силы союзников будут переброшены из Европы в район Тихого океана.