В газетах снова появились статьи о кораблестроительном отделе Морского министерства и о «неком профессоре», который в свое время предупреждал и настаивал принять меры к обеспечению непотопляемости кораблей, но был бессилен побороть рутину.
Теперь уже нельзя было «отмолчаться». Попробовали «отписаться». Главный инспектор кораблестроения прислал в газету опровержение, в котором отрицал даже самый факт предупреждения Крылова.
Тогда Алексей Николаевич сам выступил в печати. Исключив некоторые данные, которые нельзя было сообщать широкой публике, Крылов поместил в газете полностью свой доклад, за который он получил в свое время выговор.
Теперь уже не удалось и «отписаться», — не такое было время. Пришлось применить третье из тех «от», о которых с таким тонким юмором говорил Крылов, характеризуя чиновничье правило всего мира — «выбирать по всякому делу одно из трех „от“ — отписаться, отмолчаться, отказать». Решили «отказать», но уже не тем, кто боролся против косности и рутины, а самому всесильному генералу Кутейникову. Главный инспектор кораблестроения с работы был снят. А в начале 1908 года на этот пост был назначен Алексей Николаевич Крылов.
Теперь Алексей Николаевич стал первым лицом в деле руководства кораблестроением. Это было редкое для русской действительности того времени явление, когда во главе важной государственной отрасли промышленности стоял крупный ученый, честный и прямой человек, все помыслы которого были направлены на укрепление могущества русского флота. А через несколько месяцев Алексей Николаевич стал также председателем Морского технического комитета. Он получил чин генерала.
В японскую войну Россия потеряла почти весь свой броненосный флот. В Балтийском море остались лишь броненосцы «Цесаревич» и «Слава» и броненосные крейсеры «Россия» и «Громобой». Флот предстояло строить заново.
С первых же шагов своей деятельности во главе кораблестроения Алексей Николаевич повел беспощадную борьбу с рутиной, с устаревшими методами проектирования и постройки кораблей. Корабли должны строиться по расчету, с применением всех последних достижений науки и техники. Тех людей, которые не понимали этого или сознательно мешали, Алексей Николаевич не стеснялся убирать со своего пути, вспоминая, как он пишет, при этом слова своего однофамильца — баснописца Крылова:
Вместе с тем Алексей Николаевич объединял вокруг себя талантливых инженеров, создавая русскую школу кораблестроения.
Незадолго до его прихода на руководящий, пост был объявлен конкурс на лучший проект линейного корабля. На конкурс были представлены многие русские и иностранные проекты.
Алексей Николаевич считал, что по конструкции корпуса корабля проект Балтийского завода является наилучшим, «далеко оставляющим за собой все остальные проекты». Но ему пришлось потратить немало сил, прежде чем он сумел убедить в этом Морское министерство. По давно укоренившейся привычке, отдавали предпочтение иностранным проектам.
Все же Алексей Николаевич победил. Четыре первых русских линейных корабля поручили строить Балтийскому заводу.
Во главе проектирования, по рекомендации Алексея Николаевича, был поставлен талантливый русский кораблестроитель, ученик Алексея Николаевича, Иван Григорьевич Бубнов. Бубнов был известен своими выдающимися работами по вопросам прочности корабля а также по проектированию и постройке подводных лодок, отличавшихся высокими боевыми качествами. Он явился создателем новой отрасли морской науки — строительной механики корабля.
Общее руководство и наблюдение за строительством линкоров Алексей Николаевич взял на себя. Он проверял и утверждал все чертежи и расчеты, через день приезжал на Балтийский завод, следил за ходом работ, давая на месте ценные указания и разъяснения.
Когда он увидел, что главный механик завода упорно не хочет выполнять его указаний и даже не старается вникнуть в суть дела, он немедленно добился его увольнения, несмотря на то, что тот был профессором.
К концу года проектирование линейных кораблей было закончено. Расчеты составили пять объемистых томов. Это были на научной основе построенные расчеты, послужившие в дальнейшем образцом при проектировании других кораблей. В основу всего было положено стремление сделать корабли на возможно большее время боеспособными и мощными. В процессе работы над проектами И. Г. Бубновым, при творческой помощи Крылова, была создана совершенно новая система набора корабля, которая стала называться «русской системой набора». При русской системе набора корабли получались прочными и легкими. Впоследствии русская система набора получила распространение во всех странах.