На протяжении нескольких лет Завахири вел затяжную борьбу с некоторыми людьми в «Аль-Джихаде», которым не нравились его отношения с бен Ладеном. Он с презрением относился к тем членам «Аль-Джихада», которые обвиняли его в том, что он отсиживался в Европе. Они называли его «горячим революционным борцом, ставшим холодным как лед после жизни в спокойствии и роскоши». Все больше его бывших союзников, разочарованных и деморализованных годами изгнания, становились сторонниками инициативы исламистских лидеров, находящихся в заключении в Египте и предложивших одностороннее прекращение огня. Другим соратникам надоело жить в примитивных условиях Афганистана. Поэтому как организация «Аль-Джихад» уже фактически распалась, Завахири отвергал даже мысль о переговорах с египетским режимом или Западом.
В один из трагических моментов Завахири сложил с себя обязанности эмира «Аль-Джихада», но без него организация просто поплыла по течению. Несколько месяцев спустя его преемник также оставил свой пост, и Завахири был вынужден вернуться. Согласно показаниям по делу албанской ячейки, около сорока членов организации находились вне территории Египта, а внутри страны движение было вырвано с корнем. «Аль-Джихад» умер, вместе с мечтой, вдохновлявшей Завахири с юношеских времен. Египет был потерян навсегда.
Конец наступил в июне 2001 года, когда «Аль-Каида» окончательно поглотила «Аль-Джихад», создав формально новую организацию под названием «Каида Аль-Джихад». Это название отражало тот факт, что египтяне все еще составляли внутреннюю группу; среди девяти членов руководящего совета неегиптян было только трое. Но все-таки эта организация принадлежала бен Ладену, а не Завахири.
Естественно, что доминирование египтян вызывало недовольство, особенно среди саудитов. Бен Ладен пытался ослабить напряженность, объяснив, что вынужден содержать так много египтян, потому что им некуда деваться, они не могут вернуться домой без риска быть арестованными. Они, как и он, были людьми без отечества.
Бен Ладен обратился к Завахири и египтянам с особым заданием. Он поручил им убить Ахмада Шаха Масуда. Командир Северного Альянса представлял единственную значимую силу, которая препятствовала «Талибану» установить полное господство в Афганистане. Худой и экстравагантный Масуд был талантливым тактиком и мог соревноваться с «Талибаном» в жестокости. Теперь, когда «Талибан» и «Аль-Каида» стали союзниками, Дик Кларк и другие видели в Масуде последний шанс решить проблему бен Ладена руками самих афганцев.
Масуд был энергичным партнером. Он сам стал ревностным исламистом, его жена носила паранджу, а его войска неоднократно устраивали самую настоящую резню. Как и его соперники, он, вероятно, тоже содержал свое воинство за счет торговли опиумом. Масуд говорил на рудиментарном французском, который изучал в высшей школе в Кабуле, и был известен своей любовью к персидской поэзии, благодаря чему виделся цивилизованной альтернативой клерикальному режиму. В феврале вандалы из «Талибана» разгромили кабульский музей и принялись разрушать художественное наследие по всей стране: в марте они с помощью танков и управляемых ракет разрушили две колоссальные статуи Будды в провинции Бамиан, которые наблюдали за Шелковым путем на протяжении пятнадцати веков. На фоне падения репутации «Талибана» в глазах мировой общественности Масуд смотрелся весьма выгодно.
На волне возросшего авторитета в апреле 2001 года Масуд обратился к Европейскому парламенту в Страсбурге. Он говорил об опасности, что представляет «Аль-Каида» для всего мира. Он также сообщил официальным лицам США, что «Аль-Каида» готовит террористический акт против Америки, который затмит взрывы посольств в Восточной Африке.
В июле Завахири составил письмо на плохом французском языке, якобы от имени Исламского наблюдательного центра в Лондоне. Он просил разрешения для двух журналистов взять интервью у Масуда. К письму была приложена персональная рекомендация Абдула Расула Сайяфа. Разрешение было обещано.