Видимо, «Мир искусства» был далеко не идиллической компанией единомышленников, как это нередко представляют. Разногласия Бенуа с Дягилевым носили с самого начала остропринципиальный характер и касались серьезных идейных вопросов. Дело в том, что уже первая проблемная рукопись Бенуа (осень 1898 года) называлась
Рукопись вызвала категорические возражения редакции. Возник серьезный конфликт. По словам Бенуа, Философов
Однако, возвратившись весной 1899 года в Петербург, Бенуа стал одним из активнейших членов редакции. Видимо, поддавшись увещаниям Дягилева, решительно и властно проводившего в журнале свою тактическую линию, он капитулировал. Неустойчивость характера привела его к сдаче позиций в одном из самых центральных вопросов развертывающейся борьбы. Несмотря на то что его собственное творчество, как и творчество его друзей, строилось на «повествовательном принципе», к последовательной защите сюжетной живописи Бенуа вернулся лишь спустя десятилетие.
С приездом Бенуа в Петербург структура журнала меняется. В Главное управление по делам печати поступает заявление Дягилева с просьбой разрешить выделить из отдела «Художественной хроники» самостоятельный отдел, посвященный вопросам художественной и литературной критики.46
Принципам графического оформления журнала придается еще большее значение. Наряду с Бакстом его оформителем стал Е. Лансере. По настоянию Бенуа был уменьшен формат издания, оформление выдерживалось в ажурной черно-белой манере, текст набирался шрифтом времен Елизаветы, найденным на складах Академии наук, тщательно обсуждалась каждая иллюстрация, заставка, виньетка, инициальная буква, их размер и расположение на журнальной странице. Ведь сам журнал, по убеждению его издателей, должен был выглядеть как произведение искусства.