Под непосредственным влиянием студенческих волнений в 1861 г. правительство приступило к разработке реформы высшей школы. Созданная для этой цели специальная комиссия в декабре 1861 г. подготовила проект университетского устава, опубликованный и разосланный для отзывов во все университеты страны, губернаторам, предводителям дворянства и высшим духовным лицам. Переведенный даже на европейские языки проект устава был послан видным иностранным ученым. Затем этот проект длительное время проходил обсуждение в различных инстанциях, после чего уже в пятой редакции он был утвержден 18 июня 1863 г. Александром II и получил силу закона73
.Устав 1863 г. предоставлял университетам довольно широкую автономию. Совет университета получал право самостоятельно решать все научные, учебные и административно-финансовые вопросы: присуждать ученые степени и звания, распределять государственные средства по факультетам, разделять сами факультеты на отделения, заменять одни кафедры другими, отправлять молодых ученых для стажировки за границу.
Руководство жизнью факультетов принадлежало факультетским советам. Устав предусматривал выборность ректора, проректора, деканов и профессоров с последующим утверждением их в должности министром народного просвещения.
Преподаватели в университете разделялись на профессоров ординарных (штатных) и экстраординарных (внештатных), доцентов, приват-доцентов (внештатных) и лекторов. Никто не мог стать профессором, не имея степени доктора по разряду наук, соответствующих кафедре, доцентом — не имея степени магистра. Содержание профессоров было значительно увеличено и доведено ординарному профессору до 3 тыс. руб., экстраординарному до 2,5 тыс. руб. и штатному доценту до 1,5 тыс. руб. в год. Плата за слушание лекций была определена с каждого студента: в столичных университетах по 50 руб., а в прочих — по 40 руб. ежегодно. Малообеспеченным студентам разрешено было давать отсрочки, уменьшать плату наполовину и даже совсем освобождать их от нее74
.Однако студенты по уставу 1863 г. не получали корпоративных прав и подлежали дисциплинарному суду, избираемому из состава профессоров университетским советом.
Действие университетского устава распространялось на 6 университетов: Московский, Петербургский, Казанский, Харьковский, Киевский и на открытый в 1865 г. в Одессе Новороссийский университет. Дерптский и Гельсингфорсский университеты имели свои уставы.
Устав 1863 г. разрешал университетам иметь пять факультетов: физико-математический, медицинский, юридический, историко-филологический и факультет восточных языков. В действительности в каждом университете было не более четырех факультетов.
Восточный факультет существовал только в Петербургском университете, но в нем не было медицинского. Новороссийский университет имел всего три факультета — физико-математический, юридический и историко-филологический.
К концу XIX в. число университетов России достигло 10. В 1869 г. был открыт Варшавский, а в 1888 г. в Томске — Сибирский. Численность студентов возросла с 5,5 тыс. в 1860 г. до 16,5 тыс. в 1899 г., более половины этого числа студентов приходилось на Московский и Петербургский университеты.
С 60-х годов наблюдался значительный подъем научной деятельности университетов: создавались научные общества, проводились съезды, расширялось издание научных трудов. Отечественная научная литература получала все большее признание зарубежных ученых75
. Представители университетов России участвовали в работе международных съездов физиков, ботаников, зоологов, историков, юристов, ориенталистов и др. В ряде университетов возникли оригинальные школы физиков, химиков, математиков, историков, правоведов, филологов. Прогрессивная профессура обеспечивала высокий научный уровень преподавания. В Московском университете работали такие выдающиеся деятели отечественной науки, как А. Г. Столетов, Н. А. Умов, Ф. А. Бредихин, И. М. Сеченов, С. М.Соловьев, В. О. Ключевский, С. А. Муромцев, М. М. Ковалевский.
В Петербургском университете в пореформенное время преподавали Д. И. Менделеев, А.М. Бутлеров, А. Н. Бекетов, П. Л. Чебышев, И. И. Срезневский, В. В. Докучаев, А. С. Фаминцын, В. И. Семевский.
В Казанском университете протекала деятельность П. Ф. Лесгафта, Н. Н. Зинина, В. В. Марковникова76
.