Зная в общих чертах о настроениях своей армии и офицерского состава, Александр становился все более подозрительным. В какой-то момент он даже приказал просматривать письма, которые его друзья отправляли на родину. Еще осенью (или в декабре) 330 года до н. э. был раскрыт заговор, целью которого было убийство монарха. Некий Димн – участник заговора, проболтался о его деталях своему возлюбленному – Никомаху. Последний решил предупредить царя и рассказал обо всем брату – Кабелину. Тот отправился уже к палатке Александра и довольно долго ждал приема у кого-нибудь из свиты. Этим кем-то оказался Филота – сын Пармениона. И он, и его отец, несомненно, относились к числу скептиков, которые были недовольны политикой царя – его горячностью, разрывом с Македонией, симпатиями к персам и их обычаям. Причем Филота, в отличие от отца, судя по всему, не особо скрывал свое раздражение, часто беседуя с гетайрами о сложившейся ситуации. Учитывая то, что Александр и так давно уже тяготился Парменионом и его советами и ревниво относился к его статусу самого опытного военачальника, соратника покойного Филиппа, блюстителя традиций, такое поведение со стороны Филоты было неосмотрительным. Выслушав Кабелина, он пообещал все передать «Царю Азии». Однако ни в тот день, ни на следующий он ничего не сообщил Александру. Кабелин тем временем попытался донести до царя важную информацию через другого человека, который честно передал все услышанное по адресу. Это было концом Филоты. Выспросив у Кабелина подробности последних дней, Александр вызвал сына Пармениона и потребовал прямого ответа – почему, узнав о заговоре, он ничего не сказал. Филота попытался отделаться шуткой – разве мог он поверить словам каких-то ничтожных развратников?
Такая отговорка не произвела на царя должного впечатления. Вскоре в отсутствие Филоты состоялось совещание друзей Александра, на котором обсуждалось дело о заговоре. Против сына Пармениона выступили Гефестион, Кратер, Кен и другие. Было решено, что Филота либо организатор, либо соучастник заговора. Ночью его подняли с постели и закованным привели к царю. Утром было созвано общевойсковое собрание, которое осудило Филоту, еще через некоторое время он под пытками признался в том, что замышлял убийство царя, оговорив при этом и своего отца. Рассказывают, что Александр слушал показания истязаемого и в какой-то момент воскликнул: «Таким-то малодушным будучи, ты посягаешь на подобные дела!» Филота был казнен, а вслед за этим в Мидию полетел гонец с приказом умертвить и Пармениона, что и было исполнено македонскими командирами. Казнен был и давно лишенный свободы Александр Линкестид. Все, кто попал под подозрение в связях с Парменионом и Филотой, были сведены в отдельную «дикую дивизию» – своеобразную штрафную роту. Таким образом, еще перед вступлением в Бактрию Александр нанес удар по не то реальной, не то потенциальной старомакедонской оппозиции.
В Бактрии македонский правитель мог столкнуться с организованным сопротивлением, однако Бесс растерялся и предпочел ретироваться. Он бежал в соседнюю сатрапию Согдиана, где пересек реку Оке (Амударью). Александр же, двигаясь теперь на запад, прибыл в город Бактры (сейчас Балх, Афганистан). Затем и он со своей армией вторгся в Согдиану, где опять приходилось совершать переходы только по ночам – пустынная сатрапия не позволяла поступать иначе. При переправе через Оке леса для наведения моста в этих местах, конечно, не нашлось, и македоняне использовали мешки из кож, набитые соломой и сухими виноградными лозами. Вскоре македонский царь имел удовольствие лицезреть закованного в кандалы Бесса. Его сдал недавний сторонник Спитамен. Узурпатора сначала пытали в Бактрах, а потом предали смерти в Экбатане. Так был отмщен Дарий.
А поход все равно продолжался. Македонская армия шла и шла вперед, подталкиваемая неуемными амбициями своего командующего. Александр занял столицу Согдианы Мараканд (сейчас Самарканд), затем довел войско до реки Яксарт (Сырдарья). По ней проходила граница между Персидской державой и землями кочевников скифов.