Свадьба по какой-то причине расстроилась, и Александр по-прежнему оставался наследником престола, однако после этой истории отношения Филиппа с младшим сыном начали стремительно портиться. В августе 338 г. до н. э., когда Филипп готовился сокрушить союз греческих городов во главе с Фивами и завоевать Южную Грецию, он получил ранение во время солдатского мятежа. Александр отразил нападение мятежников, однако Филипп так никогда и не узнал, что своим спасением он обязан сыну. Более того, после битвы при Херонее Филипп, похоже, позавидовал славе, которая выпала на долю Александра, и даже начал высмеивать его перед войсками, говоря, что у его сына такой высокий голос, что он разговаривает, словно женщина. К этому времени Александр потерял всякое уважение к отцу и, по словам Плутарха, открыто заявлял, что единственное, чем он обязан своему отцу, так это своим рождением. Он даже говорил, что больше любит своего наставника Аристотеля, потому что «…один дал ему жизнь, а другой научил его, как жить».
В 337 г. до н. э. Филипп, похоже, потерял терпение и решил, наконец, избавиться и от Олимпиады и от Александра. Во всяком случае, его женитьба на македонянке Клеопатре ясно указывала на то, что он собирается дать стране нового наследника престола. История на свадебном пиру, когда Филипп на глазах у гостей попытался ударить Александра, а тот открыто насмехался над царем, стала последней каплей, и вскоре Олимпиада с сыном покинули Македонию. В отсутствие Александра Филипп не мог лишить его наследства, кроме того, выяснилось, что большинство знати не желает больше признавать наследником царя никого другого. Филипп опасался, что среди македонской аристократии возникнут разногласия по этому вопросу, и не мог рисковать в тот момент, когда большая часть его армии находилась далеко за пределами страны. Однако, если бы Клеопатра все же родила ему сына, все могло измениться. На самом деле, через несколько месяцев даже Арридей мог бы показаться значительно более подходящей фигурой, чем прежде, для того чтобы унаследовать престол. Теперь, когда Олимпиады не было в столице, его здоровье начало резко улучшаться. Здесь можно предположить, что постоянный прессинг со стороны царицы и жизнь в тени своего младшего брата оказывали серьезное психологическое воздействие на юношу. С другой стороны, возможно, Плутарх был прав, когда обвинял Олимпиаду в том, что она просто закормила пасынка какими-то снадобьями.