Нельзя, впрочем, сказать, что Меншиков с самого начала предвидел будущее значение Екатерины и сознательно стал подготавливать в ней союзницу. Вероятно, ему и не особенно приятно было расставаться с красивой пленницей, которая и сама, по-видимому, сохранила хорошее воспоминание о пребывании в его доме. Есть некоторые указания, что он смотрел на новую связь Петра лишь как на временную прихоть и втайне мечтал о том, чтобы выдать за него одну из своих сестер, Анну Даниловну (другая сестра, Марья Даниловна, вышла в 1703 году за одного из графов Головиных). По крайней мере, когда однажды на пиру у Мазепы последний напомнил князю о его давнишнем обещании отдать сестру за его племянника Войнаровского, Меншиков, будучи уже несколько под хмельком, ответил: “Нельзя, царское величество сам хочет на ней жениться”. В сентябре 1705 года он, между прочим, писал Дарье Михайловне: “Для Бога, Дарья Михайловна, принуждай сестру, чтобы она училась непрестанно как русскому, так и немецкому ученью, чтобы даром время не проходило”. Соловьев из этого письма усматривает намерение честолюбивого фаворита подготовить Петру достойную подругу. Действительно ли у Меншикова имелись причины питать подобные надежды – об этом судить нельзя, за неимением других данных. Во всяком случае он был настолько благоразумен, что, заметив возрастающую привязанность царя к Екатерине, не стал ей противодействовать, а напротив, всячески старался расположить в свою пользу ту женщину, которая одна была его соперницей в сердце Петра. Екатерина, не всегда бывавшая в состоянии следовать за государем, который редко оставался подолгу на одном месте и, словно буря, носился из одного конца государства в другой, находила себе на это время приют в семействе Меншикова. Между нею, его сестрой и девицами Арсеньевыми существуют самые тесные дружеские отношения и постоянная переписка. Екатерина и Меншиков также часто обмениваются письмами, тон которых, сначала фамильярный со стороны Меншикова, постепенно становится более почтительным, вследствие постепенного изменения в положении самой Екатерины, но всегда остается дружественным с той и другой стороны.
В 1706 году отношения Меншикова с Дарьей Михайловной Арсеньевой были узаконены, наконец, браком, что отчасти было делом самого Петра. Интересно, что в письмах Петра к Меншикову около этого времени попадаются какие-то загадочные фразы. Так, в декабре 1705 года он пишет: “Еще вас о едином прошу, ни для чего, только для Бога и души моей держи свой пароль”. Другой раз (в январе 1706 года): “Что вы изволите пароль свой держать, за то зело, зело благодарен...” К какому обстоятельству мог относиться этот “пароль”, условленный между Петром и Меншиковым? Есипов полагает, что Петра все-таки смущали прежние отношения Меншикова и Екатерины, что он боялся возобновления их и для этого взял с него слово жениться на Арсеньевой, а сам обещал жениться на Екатерине. Как бы то ни было, Петр очень хлопотал о женитьбе своего друга. 27 июня он вызывает его для этого в Киев: “Еще же зело прошу вас нужно необходимо к Успеньеву дню быть сюда, чтобы определить то, о чем довольно говорено с вами, и мой отъезд”. Меншиков приехал в Киев, и 18 августа Петр обвенчал его с Дарьей Михайловной.
Меншиков не имел повода раскаиваться в этом браке. В лице Дарьи Михайловны он приобрел верную подругу жизни, окружавшую мужа самыми нежными попечениями. Подобно Екатерине, она была, что называется, полковою дамою: она переносила все трудности походной жизни, подвергаясь иногда личной опасности, и при случае даже совершала походы верхом. Меншиков со своей стороны также искренне любил ее и, когда частые передвижения войск заставляли их разлучаться, писал ей с каждого перехода, с редким вниманием заботился об ее удобствах, осыпал подарками. Вообще, по отзывам современников, это была в высшей степени достойная и добрая женщина, и Петр, заставив своего легкомысленного друга жениться на ней, без сомнения, главным образом имел в виду его счастье.
Когда в 1709 году у княгини в походе родился сын, Петр сам окрестил его, дал ему двойное имя Лука-Петр, произвел в поручики Преображенского полка и, уезжая, оставил записку Меншикову: “Новорожденному Луке-Петру дарую, яко крестнику своему, сто дворов на крест; а где, то даю на вашу волю, где вам понадобится”. Любопытно, для характеристики Меншикова, что последний подходящей деревни в 100 дворов не сыскал, а сыскал деревню в 150 дворов и письменно просил деревню эту отдать ему, а за излишние 50 дворов взять с него деньги. Петр, конечно, денег не взял и отвечал ему: “О деревне будь по вашему прошению, а вычту в те поры, как Бог даст вам другого сына”.