Новгород должен был быть не только подчинен, но и уничтожен как свидетельство «старины». Пока жила эта новгородская старина, нельзя было вытравить из сознания народа то, что Москва, претендующая на роль центра Руси и православия, достигла своего могущества благодаря союзу с поработителями русских земель. Именно Москва, вопреки исторической правде, должна была предстать в образе победителя Орды и удельного сепаратизма, а Новгород стать предателем общерусских интересов и православной веры, смутьяном, бунтовщиком и заговорщиком. Для того чтобы уничтожить новгородскую «старину», Москва вырубила под корень новгородскую знать, уничтожила новгородскую торговлю с Западом, прибрала к своим рукам обширные новгородские колонии, переселила тысячи новгородцев в другие города. Жители «низовой земли», в свою очередь, тоже не относили Новгород к Руси. Еще спустя двести лет после смерти Александра Ярославича, для жителей Московской Руси новгородцы не были «своими». Не случайно поход Ивана III на Новгород в 1471 году московский летописец сравнил с походом князя Дмитрия на «безбожного Мамая» (Соловьев, СС, т. 3, с. 17).
Новгородцы в войне с московским войском Ивана III рассчитывали на помощь западных соседей: Литвы и Ливонии. Литовцы на помощь не пришли. Тогда новгородцы послали попросить помощи против московской рати у Ордена. Ливонский «магистр» писал Великому магистру в Пруссию, «что Орден должен помочь Новгороду, ибо если московский князь овладеет последним, то немцам будет грозить большая опасность» (Соловьев, СС, т. 3, с. 18). Прогноз ливонского ландмейстера сбылся всего через тридцать лет. В 1501 году Ливония потеряла сорок тысяч жителей убитыми или уведенными в плен русскими. Великий магистр Прусский написал Папе, что «русские хотят покорить всю Ливонию, или если не смогут сделать этого из-за крепостей, то окончательно опустошат ее, перебив и пленив всех сельских жителей, что они уже проникли до половины страны…» (Соловьев, СС, т. 3, с. 123). И это было только началом гибели Ливонской конфедерации. Возможно, Орден и пришел бы на помощь Новгороду. Но только никто уже не мог помочь новгородцам: их сорокатысячное воинство было разбито четырехтысячным полком московского князя на реке Шелонь (1471 г.). Новгородская феодальная республика прекратила существование и была присоединена к Московской Руси. Куда подевалась былинная храбрость лихих новгородских богатырей? Почему праправнуки героев Раковорской битвы были легко разбиты противником, которого они по численности превосходили в десять раз? За полное моральное разложение новгородского войска несет ответственность православная церковь. Наиболее боеспособная сила новгородцев конная дружина владыки не пришла на помощь пешей рати. Причину, по которой полк владыки предал своих, его воины объяснили так: «Владыка нам не велел на великого князя рук поднимать, он послал нас только на псковичей» (Соловьев, СС, т. 3, с. 18). Почему новгородский владыка занял промосковскую позицию? Да потому, что единственной возможностью сохранить независимость для Новгорода был союз с Западом (прежде всего, с Литвой). Православная церковь выступила категорически против союза с «латинянами». Ее экономические и политические интересы, ее возможности по влиянию на умы и настроение народа оказались сильнее стремления новгородского боярства к независимости от Московской Руси.
За решение подчиниться Москве, принятое под давлением церковных иерархов, новгородцы жестоко поплатились.
Но и после присоединения к Москве Новгород не стал русской землей в современном понимании. Для окончательного уничтожения новгородской вольности Москве понадобилось еще целое столетие. Путем многолетних кровавых репрессий и уничтожения новгородской экономики самый богатый и большой город средневековой Руси превратился в заштатный провинциальный городок, в котором о былой славе молчаливо напоминают лишь стены детинца и купола Софийского собора. И еще эпитет «Великий», иногда прибавляемый к его имени. Да и тот обычно употребляют не в прямом смысле, а чтобы не путать с другим Новгородом — Нижним.
Господин Великий Новгород уничтожили не иноземные завоеватели. Новгород никто не завоевывал. Он сам добровольно отдал себя в руки палачей, которые методично и безжалостно истребили Новгородскую землю.
В 1471 году, по словам летописца, Новгородская земля «пожжена и попленена до самого моря».
В 1477 году сто человек самых влиятельных людей города были казнены. Еще сто семей бояр и купцов разосланы по другим городам.
В 1487 году переведены во Владимир пятьдесят семей лучших новгородских купцов.
В 1488 году в Москву пригнали семь тысяч новгородцев. Часть казнили, других отправили на житье в другие города. На их место были посланы из Москвы и других городов бояре и купцы.