Но казней и ссылок было недостаточно для того, чтобы сломить Новгород. Для этого нужно было подорвать его экономическую мощь. Поскольку она зависела от торговли с Ганзой, Москва в 1495 году заключила соглашение с королем датским, который вел войну с ганзейскими городами. Дания обещала помочь царю в войне против Швеции и уступить Москве часть Финляндии за то, что Москва уничтожит главную контору Ганзы — новгородскую. В Новгороде арестовывают всех немецких купцов (40 человек из 13 городов) и отбирают гостиный двор, «божницу» и товары. Купцов спустя какое-то время освободили, но товаров так и не вернули. По поводу этой войны Соловьев с сарказмом написал: «Война кончилась, когда король датский достиг своей цели, сделался королем шведским; что выиграл от этого союзник его, неизвестно» (СС, т. 3, с. 131).
Изгнание ганзейских купцов из Новгорода положило конец балтийской торговле Руси с Западом. Окно в Европу было заколочено. Оставалась маленькая «форточка» — Псков. Ее спустя несколько лет тоже прикроют. В 1510 году из Пскова были высланы триста семей «лучших людей». Псковский летописец прокомментировал это событие так: «отнялась слава псковская». На место высланных псковичей прибыли переселенцы из десяти городов, которым отдали лучшие городские дворы, а псковичей, проживавших в центре города, выгнали из их домов и выселили в посады. В Пскове разместили сильный гарнизон — тысячу детей боярских и пятьсот новгородских стрельцов. Из-за притеснений, чинимых московскими наместниками, иностранцы поспешили покинуть город. В отличие от них псковичам бежать было некуда: «одни псковичи остались, потому что земля не расступится, а вверх не взлететь» (Соловьев, СС, т. 3, с. 231). Внешняя торговля Руси переключилась с Ганзы на Англию. Английским купцам царским указом были дарованы исключительные привилегии, включая право на беспошлинную торговлю (1555 г.). Для торговли с Западом строится порт на Северном море — Архангельск (1584 г.). Усилия, направленные на уничтожение торговли с Германией, принесли свои плоды. В начале XVII века среди судов, прибывавших в Архангельск, уже не было ни одного немецкого.
Завершился разгром Новгородской земли при Иване Грозном, по приказу которого опричники в течение одиннадцати недель бесчинствовали в городе и его волостях в радиусе 200—250 км. Началось избиение новгородцев с «суда», который лично вершил сам царь: «к нему приводили новгородцев, содержавшихся под стражею, и пытали, жгли какой-то «составною мудростию огненною», которую летописец называет поджаром; обвиненных привязывали к саням, волокли к Волховскому мосту и оттуда бросали в реку; жен и детей их бросали туда же с высокого места, связавши им руки и ноги; младенцев, привязав к матерям, чтоб никто не мог спастись; дети боярские и стрельцы ездили на маленьких лодках по Волхову с рогатинами, копьями, баграми, топорами и, кто всплывал наверх, того прихватывали баграми, кололи рогатинами и копьями и погружали в глубину; так делалось каждый день на протяжении пяти недель» (Соловьев, СС, т. 3, с. 541—542). Потом пришел черед новгородской волости. «По окончанию суда и расправы Иоанн начал ездить около Новгорода по монастырям и там приказывал грабить кельи, жечь хлеб, бить скот; приехавши из монастырей, велел по всему Новгороду товары грабить, амбары, лавки рассыпать до основания, потом велел грабить все дома без исключения, дворы и хоромы ломать, окна и ворота высекать. Наконец государь велел выбрать из каждой улицы по лучшему человеку и поставить перед собою. Они стали перед ним с трепетом, изможденные, унылые, как мертвецы…» (Соловьев, там же). Иван Грозный обратился к новгородцам, оставшимся в живых после полуторамесячных погромов со словами: «Жители Великого Новгорода, оставшиеся в живых! Молите Господа Бога…» Это было утро 13 февраля 1570 года. Новгороду никогда больше не суждено будет возродиться и вернуть былое величие. Через сорок три года, после этого погрома в Новгород вступят шведы. И что же? Захватчики, от которых новгородцев якобы в свое время спас Александр Невский, по сравнению с опричниками Ивана Грозного вели себя, как «голубые каски» ООН. В результате присоединения к Московскому княжеству один из богатейших городов мира, второй по величине (после Киева) город Киевской Руси, важнейший торговый партнер Ганзы, был уничтожен. По сути, то, что произошло с Новгородом при Иване Грозном, можно сравнить с тем, что стало с Кенигсбергом после Второй мировой войны. Единственная разница — в Новгороде не было таких разрушений — авиации тогда, по счастью, не было. Но в уцелевших городских стенах не осталось «новгородского духа».