Македонцы перешли в массированную атаку на греческих наемников. На них, окруженных с трех сторон конницей, с фронта двинулась фаланга. Древние источники не балуют нас подробностями данного этапа сражения, но, наверное, греки построились в «каре», что логично предположить для пешего отряда в окружении. Несмотря на меньшую численность по сравнению с врагом, опытные и знакомые с дисциплиной наемники дрались отчаянно. Последняя победа нелегко далась македонцам, и, если верить Плутарху, в данной фазе битвы они понесли самые большие потери. Плутарх сообщает нам, что Александр потерял лошадь, убитую под ним мечом кого-то из наемников. Тем не менее вряд ли имеет смысл сомневаться в окончательном исходе столкновения. Греки были уничтожены. Около 2000 человек в итоге стали пленниками, и их в оковах послали в Македонию как рабов. Насытила или нет в тот день кровожадность Александра ненужная бойня, но она, вероятно, стала для царя источником лишних потерь в живой силе.
Фактически же в дальнейшем он заметно пересмотрел отношение к греческим наемникам и в следующих столкновениях с неприятелем стал брать сдававшихся к себе на службу. Как бы там ни было, такая перемена политики не смогла совершенно заглушить память о Гранике, и по большей части греческие наемники на службе у персов предпочитали отныне драться до конца, чем идти на риск договариваться с македонцами.
Урон у персидской кавалерии по итогам битвы оказался весьма скромным по причине того, что она бежала с поля, не преследуемая конницей Александра. Если принять численность персидских всадников в сражении за немногим более 10 000 человек, тогда, согласно источникам, потери у них составили от 10 до 20 процентов. Уровень вполне обычный для боевых столкновений в античные времена. Как бы там ни было, доля погибших командиров оказалась куда выше, и Диодор Сицилийский видит в этом одну из наиболее значительных причин крушения персидского войска. Из источников получается, что едва ли не две трети персидских командиров нашли смерть на поле сражения.
Основные потери на стороне проигравших понесли, конечно же, греческие наемники. Арриан говорит о 2000 человек, в итоге взятых в плен, что может давать от 2000 до 3000 убитых или тяжело раненных греческих солдат на заключительном этапе битвы. Такой высокий процент — между 50 и 60 — объясняется их положением — окружением. Но мы не без дрожи представляем себе эту резню, пусть размах ее был и относительно невелик, как невелико было формирование наемников, насчитывавшее 5000 человек.