Так же, как и Александро-Невская Благовещенская церковь (традиционное наименование двойной церкви — Александро-Невской и Благовещенской) — это здание двухэтажное с двусветным вторым этажом и венчающей его башней. Пропорциональное соотношение с более ранней предшественницей было соблюдено, близки они и композиционно. Но при всем сходстве образное восприятие нового здания иное, обусловленное решением, характерным для времени зрелого барокко. Круглый барабан каменной башни легко возносит купол, прорезанный люкарнами. Изящно обработанный и украшенный лепниной лантернин из пудостского камня увенчан элегантной золоченой луковкой. Широкие пилястры с превосходно нарисованными капителями декорируют башню и ритмично чередуются с высокими проемами окон. Пилястрами обработаны и все четыре фасада с маленькими лучковыми фронтонами. Всему облику здания, праздничному и нарядному, присуща та изысканная сдержанность, которая не позволяет ему чрезмерно выделяться в общем решении наконец-то завершенной главной линии каре.
Трезини не дождался отделки интерьеров. В 1751 году он уехал на время в Италию и по возвращении как будто в строительстве активно не участвовал. Присмотр за работами Канцелярия поручила «каменных дел мастерам» Э. Казаспре и И. Вейсу. Нижняя церковь, получившая первоначальное наименование «во имя Иоанна Златоуста», была отделана и расписана в 1754 году, верхняя, «во имя св. Федора Ярославича»[13]
(старшего брата Александра Невского),— в 1762 году. Росписи и иконостасы обеих церквей созданы преимущественно А. Антроповым. Убранство интерьеров XVIII века так же, как частично первоначальная планировка келейного Федоровского корпуса, не сохранилось. В 1791 году в первом, ближнем к собору, уступе устроили специальную большую «Кавалерскую залу [...] на случай собрания Кавалеров 30 августа»[14] а в остальных в конце XVIII века разместились учителя и студенты Духовной академии и больница.Федоровская церковь так же, как и Благовещенская, с годами обросла пристройками. Одна из них сделана в 1891 году архитектором В. И. Карповым, построившим Исидоровскую одноэтажную церковь-усыпальницу, примыкающую к старому зданию с восточной стороны. Другая — более ранняя, 1754 года, очень интересна в архитектурном отношении, о чем будет сказано ниже.
С 1753 года архитектурный надзор за строительством перешел к И. Я. Росси, лепщику, «штукатурного и гротического дела мастеру». Кроме него и упомянутых Фоссатти и Казаспра, на строительстве в 1750—1760-е годы работали архитекторские ученики М. Мелентьев и С. Волков, архитекторский помощник М. Расторгуев, «каменного дела мастер» А. Антонедо (Антонетти), архитектор П. Шпекле и некоторые другие строители и художники. Все они, за исключением М. Д. Расторгуева, были в основном исполнителями и в проектировании сооружений участия не принимали. Весь 1754 год, до лета 1755, они занимались разборкой неудавшейся соборной церкви Швертфегера. Разборка эта, осуществленная руками солдат, дала монастырской стройке дополнительные материалы и доход: только в Дворцовую канцелярию продали четыреста тысяч кирпичей. Щебень пошел на засыпку и благоустройство «Большой першпективной», которая с 1737 года официально именовалась Невской перспективой и вела прямо к старым деревянным строениям на левобережье. Центральным зданием «партикулярной» застройки левого берега Черной речки по-прежнему была деревянная Благовещенская церковь, вновь отстроенная «о пяти куполах» в 1756—1758 годах по левую руку от дороги, ведущей с Невской перспективы к каменным новостройкам правого берега.
Чтобы замкнуть «перспективу» и устроить парадный въезд, М. Д. Расторгуеву, только что перешедшему со стройки Стрельнинского дворца в Контору строения монастыря, было поручено в 1753 году спроектировать колокольню с воротами. Богато декорированное колоннами, многоярусное деревянное сооружение на каменном фундаменте с высоким лантернином и «боевыми» часами воздвигли в 1756 году там, где тридцать лет спустя встанет Надвратная церковь лавры, существующая и поныне.