Алексеев не ошибся, назвав приказ Петроградского совета гибельным для фронтовых войск. В армии командиры теряли свою командирскую власть: такого Русская армия за свою историю ещё не знала.
На посту военного вождя России Михаил Васильевич оказался в достаточно двусмысленном положении. От него из столицы требовали много, а в прямой поддержке почти всегда молчаливо отказывали. Временное правительство присвоило себе монаршью власть в её полном объёме (и даже более). Однако оно не только не хотело, но и не могло взять на себя ответственность за сохранение дисциплины в войсках путём применения репрессивных мер. Гучков, а после него и Керенский совершенно исключили применение оружия для восстановления порядка.
Когда Алексеев впервые поднял об этом вопрос, то военный и морской министр Временного правительства по прямому проводу ответил Верховному главнокомандующему так:
— Убедительно прошу не принимать суровых мер против участников любых беспорядков.
— Но если эти беспорядки могут разрушить прямое подчинение военной власти?
— Только без суровых мер. Только без применения оружия к нарушителям правопорядка.
— Но в войсках на этой почве участились беспорядки.
— А крайние меры только подольют масла в огонь и помешают успокоению в центре, которое теперь наступает.
— Но я веду речь о фронте, который не ходит на митинги, а сражается.
— Сейчас, господин Алексеев, надо во имя блага свободной России вам быть больше политиком, чем военным.
Михаилу Васильевичу при поддержании порядка и дисциплины в войсках пришлось столкнуться и с другой трудностью. При царском режиме штатских лиц от разных партий, которые вели в армейских рядах подрывную пропаганду, было легко обнаружить. Теперь же Временное правительство, демонстрируя собственную беспомощность, узаконивало «агитационный» развал фронтовых войск. Подобный развал запасных войск в тылу, Балтийского и Черноморского флотов был уже свершившимся фактом.
Обычно невозмутимый генерал Алексеев не смог скрыть от окружающих своего возмущения такой правительственной телеграммой, которая поступила в Ставку в середине марта:
Алексеев с раздражением бросил на стол прочитанную вслух телеграмму и сказал:
— Даже трудно поверить в то, что наш новый военный министр храбро сражался в Южной Африке за буров против британской короны. А ведь это было...
Всё же Михаил Васильевич настоял на том, чтобы правительство «временных» что-то сделало в «борьбе» со злосчастным приказом № 1 Петроградского совета. Было опубликовано воззвание к войскам, подписанное военным министром Гучковым и генералом Алексеевым. В воззвании объявлялось следующее: