«Я, когда писал, старался забыть, что существует цензура, и дал себе полную волю; как романист (речь ведь идёт не о папе), я руководствовался заветом: делай, как надлежит, и пусть будет, что будет. Забавно было бы, если бы цензура ко мне придралась и встала бы на защиту Ивана Васильевича, но в конце-то концов нет ничего невозможного за пределами чистой математики, это Араго сказал, а к тому же — цензура склонна к переменам, и безумен, кто вверится ей. Это слова то ли Франциска I, то ли Верди. Как бы то ни было, роман окончен, и мне кажется, что я был добросовестен, как только мог, хотя, правда, и позволил себе один анахронизм: Вяземского я подверг казни на пять лет раньше, чем его на самом деле казнили. Не правда ли, это не беда? Ведь Эгмонту Гёте отрезал же голову на двадцать лет раньше срока». А. К. Толстой имеет в виду оперу Джузеппе Верди «Риголетто», в основе которой драма Виктора Гюго «Король забавляется», отсюда упоминание Франциска I.
Неизбежен вопрос: кто такой главный герой романа и является ли он историческим лицом? По-видимому, А. К. Толстой во время пребывания в Калуге услышал местное предание о князе Петре Оболенском-Серебряном, вотчина которого находилась возле Козельска. Он был одной из многочисленных жертв Ивана Грозного. Предание сделало его героем, смело режущим правду-матку царю в глаза. Иван IV отправил его командовать сторожевым полком в Жиздру, где он погиб в стычке с крымскими татарами. В трёх верстах от Козельска возвышается курган, и молва считала его могилой Петра Оболенского-Серебряного.
Сам автор следующим образом характеризует своего героя: «Доселе Иоанн встречал или явное своеволие, как в боярах, омрачивших своими раздорами время его малолетства, или гордое непокорство, как в Курбском, или же рабскую низкопоклонность, как во всех окружавших его в настоящее время. Но Серебряный не принадлежал ни к одному из этих разрядов. Он разделял убеждение своего века в Божественной неприкосновенности прав Иоанна; он умственно подчинялся этим убеждениям и, более привыкший действовать, чем мыслить, никогда не выходил преднамеренно из повиновения царю, которого считал представителем Божией воли на земле. Но, несмотря на это, каждый раз, когда он сталкивался с явною несправедливостью, душа его вскипала негодованием, и врождённая прямота брала верх над правилами, принятыми на веру. Он тогда, сам себе на удивление и почти бессознательно, действовал наперекор этим правилам, и на деле выходило совсем не то, что они ему предписывали. Эта благородная непоследовательность противоречила всем понятиям Иоанна о людях и приводила в замешательство его знание человеческого сердца».
Кажется, что князь Серебряный до некоторой степени является автопортретом А. К. Толстого. Действительно, при дворе он как бы стоял обиняком, поскольку не искал ни чинов, ни должностей, напротив, всячески оберегал свою независимость и право говорить подчас нелицеприятную правду и поступать не по указанию свыше, а по собственному убеждению.
Один из ключевых эпизодов романа — гнев царя на сына Ивана, попытка убийства царевича Малютой Скуратовым и его спасение Серебряным. А. К. Толстой придерживается текста популярной исторической народной песни, где спасителем царевича выступает бесстрашный Никита Романович (по-видимому, брат царицы Анастасии Никита Романович Захарьин-Юрьев). Правда, Толстой позволяет себе одно существенное отступление: в народной песне царь разъярился не на старшего сына Ивана, а на младшего Фёдора, якобы уличённого в сочувствии изменникам-боярам; Иван же выступает его обвинителем. Но внимание привлекает прежде всего то обстоятельство, что и герой А. К. Толстого и Захарьин-Юрьев носят одно имя. Захарьин-Юрьев остался в истории как умный и дальновидный советник Ивана Грозного, энергичный воевода (таким он обрисован и в знаменитой драматической трилогии А. К. Толстого). Когда Иван Грозный почувствовал приближение смерти, он, видя слабость и малоспособность наследника Фёдора, учредил своего рода регентский совет из пяти человек, во главе которого поставил Захарьина-Юрьева, то есть фактически назначил его верховным правителем государства. Отсюда нетрудно сделать вывод, что, задумывая своего героя, Толстой имел в виду и одного из предков царствующей династии Романовых, отождествляя Серебряного с Захарьиным-Юрьевым.