Накануне революции дом уже значился как усадьба Протопоповых, в 1918 году он был реквизирован, в нём разместились различные учреждения. Кстати, здесь же, в Обуховом, жил персонаж повести Булгакова «Собачье сердце» профессор Преображенский. В 1922 году по неизвестным причинам переулок переименовали в Чистый, а дом 5 передали в ведение Наркоминдела для сдачи в аренду главе дипломатической миссии Германии в Москве. Здесь стали жить германские послы Ульрих фон Брокдорф-Ранцау, затем Герберт фон Дирксен, а с 1934 года — граф Фридрих Вернер Эрдманн Маттиас Иоганн Бернхард Эрих фон дер Шуленбург. Этот человек любил Россию, не хотел войны и даже сообщал о готовящемся нападении... Когда же 22 июня Шуленбург вручил Молотову телеграмму с нотой об объявлении войны, то сказал, что считает решение Гитлера безумием. Вскоре его и всё германское посольство вывезли из Москвы и на советско-турецкой границе обменяли на наше посольство в Берлине. В 1944 году граф Шуленбург оказался причастен к покушению на Гитлера, и его повесили.
Дом в Чистом переулке с 1941 по 1943 год оставался опечатанным вместе со всей мебелью. И в таком виде достался Церкви. Любопытно, что на фасаде дома красовался вензель, оставленный последней владелицей дома купчихой Марией Протопоповой — «МП», и теперь его можно было читать иначе: «Московская Патриархия».
8 сентября 1943 года именно здесь состоялся Архиерейский Собор, избравший митрополита Сергия (Страгородского) двенадцатым Патриархом Московским и всея Руси. В тот же день состоялось освящение храма в честь Владимирской иконы Божией Матери, устроенного в главном доме усадьбы. Затем были обустроены Красный зал заседаний Синода и другие представительские помещения, рабочие комнаты персонала учреждений Московской Патриархии и личные покои Святейшего Патриарха Сергия. Московское епархиальное управление, синодальные отделы и хозяйственные подразделения поселились в одноэтажном дворовом корпусе.
Ранним утром 15 мая 1944 года в доме 5 от кровоизлияния в мозг на почве атеросклероза скончался Патриарх Сергий. Митрополит Крутицкий Николай совершил у одра почившего литию. Затем покойника обрядили, положили в гроб и митрополит Ленинградский Алексий (Симанский) отслужил панихиду. На другой день тело перевезли в Богоявленский Елоховский собор, где совершилось отпевание и где в левом приделе Патриарх Сергий упокоился.
2 февраля 1945 года на Поместном Соборе, проходившем в здании храма Воскресения Христова в Сокольниках, тринадцатым Патриархом избрали митрополита Алексия (Симанского). Вскоре он вселился в Чистый переулок. При Патриархе Алексии 1 в храме появился иконостас, а в бывшей келье Патриарха Сергия разместилась библиотека. На территории усадьбы располагались обширные складские помещения и конюшни, которые были перестроены в служебный дом, вместивший в себя Управление делами Московской Патриархии, Отдел внешних церковных сношений, хозяйственное управление и комнаты для гостей. Впрочем, затем часть этих служб перебралась в Лопухинский корпус Новодевичьего монастыря.
Патриархом Пименом ризница была перестроена в гостиную, получившую название «Белый зал». Здесь в закрытых шкафах хранились патриаршие облачения. В мезонине Пимен разместил коллекцию орденов и подарков своего предшественника.
Патриарх Алексий (Симанский) отошёл к Господу в Переделкине. Двое Патриархов — Сергий (Страгородский) и Пимен (Извеков) скончались в Чистом переулке.
И вот теперь сюда вселился пятнадцатый Патриарх Алексий II. Какие чувства он испытывал? Какие мысли посещали его? Дом, бывший московской дворянской усадьбой, купеческим владением, посольством Германии и, вот уже почти полвека, — гнездо Патриаршества Московского...
Ещё Патриарх Алексий I, человек разносторонне и глубоко образованный, утончённый эстет, украсил Красный зал резиденции картиной русского художника Петра Геллера, имеющей огромный смысл именно для зала приёмов Предстоятеля Русской Церкви. Когда Патриарх заседает в Красном зале, он обычно сидит так, что картина отчётливо видна у него за спиной. Как своеобразный герб. История этого полотна по-своему удивительна. Художник Пётр Исаакович (Песах Ицкович) Геллер происходил из местечковой еврейской семьи и в своём творчестве немало показал жизнь евреев в царской России. Но при этом он увлекался и сюжетами из древней русской истории. Один из таких и использован в работе, висевшей за спиной у Патриарха. Вот только до сих пор искусствоведы спорят, что именно изображено, и картина в разных источниках подаётся под двумя разными названиями: «Патриарх Иов отказывается признать в Лжедимитрии сына Ивана IV» и «Патриарх Гермоген отказывается подписать грамоту о роспуске народного ополчения».