А в это время в Москве президент страны издал указ за номером 1400 «О поэтапной конституционной реформе в Российской Федерации». Верховный Совет был низложен, здание, известное как Белый дом, отключили от связи, электричества, выхода в телеэфир, водоснабжения и канализации, окружили войсками МВД. В ответ Президиум Верховного Совета объявил президента вне закона. Вице-президент Руцкой принял на себя исполнение президентских полномочий. В стране родилось двоевластие как первая ступень к гражданской войне.
Зная о событиях в Москве, Святейший внимательно следил за их развитием, готовый в любую минуту лететь на родину. 23 сентября он совершал литургию в Троицком соборе Сан-Франциско, побывал в Никольском храме, которому передал один из списков иконы Казанской Божией Матери.
Утром 24 сентября Белому дому был предъявлен ультиматум, в котором говорилось, что в случае, если его защитники не покинут здание в течение суток, президент Ельцин и министр обороны Грачёв дадут приказ о штурме. Узнав об этом, Святейший в аэропорту Чикаго, куда только что прилетел, объявил:
— К сожалению, кризис, происходящий сегодня в России, побуждает нас прервать наше пребывание в Соединённых Штатах и возвратиться на родину. Мы сожалеем об этом, однако глава Церкви должен быть в трудные минуты со своей паствой, мы обязаны призывать к миру и не допустить кровопролития на нашей земле.
Вернувшись в Москву, 29 сентября Святейший выступил с обращением к народу:
— Россия — на краю пропасти. Ныне мы перед выбором: или остановить безумие, или похоронить надежду на мирное будущее России. Особенно трагично то, что сегодня может распасться Российская держава. Если это произойдёт, будущие поколения проклянут нас. Противостояние на пределе нервов вокруг Белого дома в любой миг может взорваться кровавой бурей. И поэтому я слёзно умоляю стороны конфликта: не допустите кровопролития! Не совершайте никаких действий, могущих разрушить донельзя хрупкий мир! Не пытайтесь решить политические проблемы силой! Не предавайтесь безумию, не переставайте уважать человеческое достоинство друг друга! Имейте мужество не поддаваться ни на какие провокации, как бы больно они ни задевали вас! Помните, что нынешней смутой могут воспользоваться экстремисты, преступники, да и просто нездоровые люди. Одна пуля, выпущенная около Белого дома, может привести к катастрофе, кровавое эхо которой прокатится по всей стране. Вот почему я призываю любыми мирными средствами ослабить вооружённое противостояние. В нынешний сложный момент надо милосердно относиться к любому человеку. Никакие политические цели не могут препятствовать обеспечению находящихся в Белом доме медикаментами, пищей и водой, медицинской помощью. Нельзя допустить, чтобы физическое истощение спровоцировало людей на неконтролируемые насильственные действия. От имени Церкви я призываю противостоящие стороны к диалогу и предлагаю любую форму необходимого посредничества в это судьбоносное время. В связи с происходящими событиями созывается экстренное заседание Священного Синода. Всех православных христиан прошу молиться о спасении России. Пусть и те, кто ни разу в жизни не обращался к Богу, возопиют ныне к Нему. Верю:
В тот же день, 29 сентября, Святейшего в Чистом переулке посетил сторонник Ельцина мэр Москвы Юрий Лужков, затем председатель Конституционного суда Валерий Зорькин, принявший уже вечером 21 сентября постановление о неконституционном характере действий Ельцина. То есть представители обеих враждующих сторон. Лужков пообещал не участвовать в применении силы и помогать защитникам Белого дома, если те пострадают во время его штурма. Зорькин обещал добиваться разрешения конфликта конституционно.
На следующий день в Кремле Ельцин принял Патриарха Алексия II, митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия и митрополита Смоленского и Калининградского Кирилла. Ельцин злился, но пообещал ещё раз вступить в переговоры со своими врагами при посредничестве Русской Православной Церкви. Было решено, что переговоры пройдут в Свято-Даниловом монастыре.
Утром 1 октября, вняв просьбам Патриарха, власти включили в Белом доме электроэнергию, отопление и горячую воду. Затеплилась надежда на мирный исход. Но телефонная связь по-прежнему оставалась отключённой.
В десять часов утра Патриарх в сопровождении митрополитов Ювеналия и Кирилла явился в Свято-Данилов монастырь. Со стороны президента выступали руководитель президентской администрации Сергей Филатов, мэр Москвы Лужков и первый заместитель председателя Совета министров Сосковец. Со стороны Белого дома — председатель Комитета по делам национальностей Абдулатипов, заместитель председателя Верховного Совета Воронин, народный депутат Домнина, а от Конституционного суда — судья Олейник.