Святейший с состраданием следил за происходящим. Он послал своё личное обращение к басаевцам, в котором, в частности, говорилось: «...немедленно прекратите смертоубийство граждан и немедленно освободите всех заложников! Использование священного дара жизни не причастных к конфликту мирных людей ради достижения военных или политических целей преступно не только с точки зрения норм нравственности, проповедуемых как исламом, так и христианством, но и с позиций нерелигиозного взгляда на судьбу человечества». Но, получив это обращение, люди-звери лишь глумливо скалились. Вскоре они доказали всему миру, что не имеют права называться людьми, не имеют права именовать себя кавказцами, горцами, чеченцами. Когда 17 июня начался штурм больницы, эти животные ставили в окнах беременных женщин и отстреливались, расположив стволы пулемётов и автоматов между женских ног. И после такого кто-то может восторгаться Басаевым?!
Святейший воспринимал подобные события как своё личное горе, полностью погружая в него своё больное сердце. После того как заложники были освобождены, а бандиты отпущены в Чечню, он, вернувшись из поездки в Казахстан, слёг в Переделкине, несколько дней приходил в себя, совершал неспешные прогулки.
В конце месяца Предстоятель отправился с визитом в Швейцарию, где самым запоминающимся событием и для него, и для всех, кто при сем присутствовал, стало первое патриаршее богослужение у памятника Александру Васильевичу Суворову.
«За вялш уклад праваслаунай царквы у духоунае адраджэнне беларускага народа узнагародзщь Свяцейшага Патрыярха Маскоускага i усея Pyci Алекая II (Рыдзнера Аляксея Мiхайлавiча) медалем Францыска Скарыны. Прэзщэнт Рэспубл!к! Беларусь А. Лукашэнка», — и в двадцатых числах июля Святейший едет в Белоруссию, где проводит три дня среди почестей, совершает богослужения в Минской, Гродненской, Новогрудской и Брестской епархиях, встречается с президентом Александром Лукашенко, который тогда ещё не столь рьяно пёкся о том, чтобы католических храмов в Белоруссии было ровно столько же, сколько православных.
Вернувшись в Москву, Святейший первым делом вновь побывал на строительстве храма Христа Спасителя, остался доволен тем, как идут работы. Уже готовы были все стены. А в праздник Преображения Господня он совершил молебен в почти достроенном нижнем храме, посвящённом этому двунадесятому празднику.
В августе Святейший отправился в Краснодарскую епархию и в ходе своего визита посетил военный госпиталь, встретился со 186 ранеными, их собрали в столовой, где и прошла задушевная беседа. Затем он посетил две палаты с тяжелоранеными. Зрелище искалеченных юношей сильно потрясло его. Впоследствии он вспоминал:
— На постелях лежали мальчики по восемнадцать-девятнадцать лет. Видеть это было тяжело... У всех военнослужащих, которые ранеными вернулись из Чечни, на груди — крестики или образки. И отрадно, что нет у них того синдрома озлобленности, который наблюдался у возвратившихся из Афганистана.
12 августа в Краснодаре Святейший освятил место закладки храма в честь Иоанна Воина. Вернувшись из поездки, он выступил с заявлением, что Русская Православная Церковь не должна участвовать ни в каких предвыборных кампаниях, и призвал к такому же поведению мусульман России. В сентябре осудил натовские бомбардировки позиций сербов в Боснии, назвав их бесчеловечными. Фонду оказания помощи беженцам были отправлены пожертвования от Русской Православной Церкви.
Среди печалей, коих в лихие девяностые было огромное множество, случались и радости. Многие из них — благодаря стараниям Патриарха Алексия II.
Со времён царя Алексея Михайловича почитался на Москве чудотворный список Иверской иконы Божией Матери, созданный на Афоне по государеву заказу. Для него при въезде на Красную площадь построили при Воскресенских воротах Иверскую часовню. Безбожные большевики уничтожили и ворота, и часовню, а икона пропала, пройдя через их руки.
И вот благодаря стараниям Святейшего Иверская часовня и Воскресенские ворота возродились. 26 октября 1995 года он их освятил.
В первых числах ноября горестное известие пришло из города на Неве. Не стало митрополита Иоанна (Снычева), коего в своё время на Санкт-Петербургскую кафедру назначал Святейший. Их объединяло и разъединяло многое. Прежде всего, объединял святитель Филарет (Дроздов). Владыка Иоанн о нём написал огромную монографию. Объединяли взгляды на отечественную историю, желание бороться с её искажениями. Объединяла любовь к молитвенному служению. Разделяло то, что владыка Иоанн был менее сдержан, нередко кипятился, порой высказывал излишне радикальные взгляды. Он выступал за канонизацию Ивана Грозного. Святейший призывал к длительному и доскональному изучению личности первого русского царя, дабы иметь неопровержимые доказательства того, что все злодеяния ему приписаны и являют собой сплошную клевету.