В конце апреля Святейший посетил Грузию. Тбилисская духовная академия присвоила ему учёную степень доктора богословия
Во второй половине мая Предстоятель побывал в Словакии, встретился с премьер-министром Владимиром Мечиаром и получил золотую медаль Кошицкого университета по факультету православного богословия. Вернувшись в Россию, отправился в Кемерово, где освятил возрождённый Знаменский кафедральный собор.
Продолжалась подготовка к канонизации целого сонма новомучеников Российских, пострадавших в эпоху большевистских гонений. Вышла вторая книга иеромонаха Дамаскина (Орловского) «Мученики, исповедники и подвижники благочестия Русской Православной Церкви XX столетия». В предисловии к ней Патриарх Алексий II писал: «Двадцатое столетие — особое время в жизни Русской Церкви. Это эпоха невиданных гонений за веру, по своим масштабам, циничности, коварству и жестокости превосходящих всё, что когда-либо выпадало на долю последователей Христовых».
А в это же время, когда часть России поднималась вместе со своим Патриархом, другая её часть в безумии и ослеплении падала в ту самую тьму греховную, в которую ввергали её пьяный президент и его команда. Ельцин договорился о прекращении боевых действий с новым лидером чеченских бандитов Асланом Масхадовым и срочно слетал в Чечню, где поздравил военнослужащих, выдав подписание перемирия за победу в войне. На самом деле никакой победой и не пахло. Разве что очередной победой Ельцина на выборах, хотя всюду трубили о большей популярности коммуниста Зюганова.
В июле Святейший побывал в местах, любимых им с детства, — на благословенном Валааме. Привёз чтимый список Валаамской иконы Божией Матери, который доселе хранился на Валаамском подворье в Санкт-Петербурге. Вид возрождающейся обители порадовал Патриарха, он остался доволен, что три года назад назначил наместником архимандрита Панкратия. В конце июля Святейший побывал и в другой прославленной обители — в Оптиной пустыни. Там проходило прославление в ряду местночтимых святых тринадцати старцев.
Август 1996 года принёс новое мученичество России. Мирный договор с чеченскими бандитами, которым так кичился Ельцин, рухнул. 6 августа отряды под руководством Масхадова ворвались в Грозный и овладели им почти без труда. Далее в течение двух недель в столице Чечни погибло пятьсот военнослужащих и более двух тысяч мирных жителей. Двести тысяч жителей стали беженцами.
На фоне этой трагедии Ельцин, которого с трудом удавалось поднимать на ноги, вновь вступил в должность президента великой державы, не понимая её величия и исторической судьбы. Это означало продолжение грабительской политики преступных олигархов — они поддерживали президента деньгами, он их — своей властью. Вступление главы государства в должность, состоялось 9 августа. В те самые дни, когда в Грозном сотнями гибли люди. Поистине — власть на крови!
Инаугурацию предполагалось провести пышно на Соборной площади Кремля. Но Ельцин едва мог стоять на ногах, и от пышных торжеств отказались, перенесли их в коммунистический Дворец съездов, более привычный для бывшего «верного ленинца», а ныне — марионетки в руках олигархов.
Предстоятеля Церкви пригласили для выступления. Отказаться он не имел права. В своём приветственном слове Святейший взывал:
— В этот знаменательный для вас и России день я прошу вас, Борис Николаевич, прислушиваться к голосу России, к голосу её многовековой истории, к голосу россиян, которые избрали вас и возложили на вас свои надежды. Многим из них нелегко живётся сегодня, но они верят в будущее России.
Вскоре после вступления в должность президента уложили на больничную койку и врачи стали бороться за его жизнь. А наша родина шла сквозь позор Хасавюртовских соглашений, в которых, по сути, признавалась победа маленькой чеченской банды под началом Масхадова над огромной Россией, руководимой Ельциным.
Осенью отмечалось 125-летие Среднеазиатской епархии, и Святейший совершил девятидневную восточную поездку — Ташкент, Самарканд, Бишкек, Каракола, Сокулук, Чолпон-Ата, впервые в жизни увидел красоты Иссык-Куля. В Самарканде находится захоронение пророка Даниила, мощи которого сюда привёз Тамерлан. Над могилой растёт большое фисташковое дерево, вот уже пятьсот лет охраняя покой библейского пророка. В тот год на древней фисташке впервые не расцвели цветы. Дерево умерло, его собирались срубить. И вот, приехав сюда в ноябре, Святейший помолился ветхозаветному святому и окропил дерево святой водой. Каково же было всеобщее изумление, когда после его отъезда фисташка из скрюченной серой старухи стала превращаться в молодую розовую деву, а на её ветвях появились цветы, нежные, как утренняя заря!