Собор анафематствовал и отлучил от Церкви бывшего митрополита Филарета (Денисенко). Особым актом Собор отлучил от Церкви Глеба Якунина, который «не внял обращённому к нему призыву к покаянию и прекращению бесчинств, продолжал кощунственно носить священнические одежды, вступил в общение с раскольническим образованием лишённого всех степеней священства монаха Филарета (Денисенко), ныне отлучённого от Церкви; продолжает возводить хулы на епископат, духовенство и верных чад Матери-Церкви, тем нанося ей ущерб».
23 февраля Святейшему исполнилось шестьдесят восемь лет. День рождения он отметил тем, что совершил литургию в крипте восстанавливаемого храма Христа Спасителя в сослужении 126 архипастырей — участников Архиерейского Собора. Там же, в Преображенском храме, состоялось прославление священномучеников митрополита Петра, митрополита Серафима и архиепископа Фаддея.
Преображенский храм действовал по праздникам и воскресным дням. А 8 апреля в нём состоялось первое отпевание, и совершил его сам Предстоятель. Отпевали замечательного русского писателя Владимира Солоухина, одного из тех, кого Алексий II любил читать.
— Знаменательно, что отпевание писателя совершается именно в этом храме, — сказал Святейший. — Ведь именно Владимир Алексеевич был первым председателем Фонда храма Христа Спасителя ещё в то время, когда очень многие сомневались в возможности воссоздания порушенной святыни. Поверив в эту идею, он помогал её осуществлению своим деятельным участием в работе Общественного наблюдательного совета по воссозданию храма Христа Спасителя, принимал участие и в возвращении Свято-Введенской Оптиной пустыни...
А через девятнадцать дней здесь же во второй раз звучало «Ты еси Бог, творяй чудеса!» — пение прокимна пасхальной вечери.
Принято считать, что у Святейшего складывались хорошие отношения с Ельциным. Внешне это и впрямь выглядело так. Патриарх не показывал своей неприязни к президенту, всегда был с ним любезен, рассыпался в благодарностях по поводу того, что тот делал для Церкви, давал ему благословение, благоволил к семье. Однако сие нисколько не означает, что он поддерживал действия пьяного «царя Бориса». Чтобы убедиться в этом, достаточно посмотреть, как Предстоятель характеризовал то, что происходило в стране под руководством Ельцина и руководящих им олигархов. Говоря о возрождении Церкви, он подчёркивал, что страна при этом находится в полном упадке. Вот, к примеру, выдержки из его речи на открытии IV Всемирного Русского Народного Собора 5 мая 1997 года:
— Плачевное демографическое состояние нашего народа, чудовищный уровень алкоголизма, наркомании, льющиеся с газетных страниц и телеэкранов потоки разврата и насилия — всё это суть недуги, порождённые пороком. А экономический, социальный, культурный кризис, поразившие страну? Что это, как не болезнь, вызванная чёрствостью наших душ, забвением о ближнем и о будущих поколениях?.. Поражено болезнью и наше здравоохранение. Россия стремительно утрачивает своё исконное достижение — систему бесплатной медицинской помощи всем гражданам страны. Глубоко тревожит бедственное положение клиник и медицинских научных центров, плачевное состояние сельской медицины, растущая недоступность многих видов медицинской помощи для малоимущих людей.
А вот что он говорил через две недели участникам международной конференции «Духовные основы политики и принципы международного сотрудничества»:
— Одна из самых острых проблем, решение которой невозможно представить без нашего соборного участия, — небывалое в истории по степени и масштабам невосполнимого ущерба имущественное разделение народа и, следовательно, глубокое социальное расслоение. Образовалась пропасть между богатством и бедностью. Угроза состоит не только в уродливом имущественном неравенстве, которое в равной степени подрывает безопасность и бедных и богатых, угрожает стабильности всех социальных и государственных институтов, но и в возникновении всё новых форм очагового и массового обнищания, в том числе и таких, как нищета работающих, но не имеющих возможности прокормить себя и семью, невыплата заработанного честным трудом и задержка пенсий, и без того мизерных... Пропасть между богатством и нищетой увеличивается день ото дня, поглощая и уничтожая надежду на гражданский мир и социальное партнёрство. Она может быть преодолёна только при условии честного и открытого диалога с государством, которое, назвав себя социальным (в соответствии с конституцией), не имеет права на антисоциальную политику.