В обращении к читателям газеты «Континент» в том же 1997 году Святейший писал: «Общественный мир немыслим без порядка. Разгул в стране преступности и безнравственности, к которому многие начинают привыкать, будто к некой “норме”, — должен быть остановлен всеми средствами, какие есть у общества и государства. Если люди не смогут чувствовать себя в безопасности, если на хозяйственную и политическую деятельность будут влиять криминальные силы, успех всех положительных процессов в стране окажется под вопросом. Восстановление порядка, преодоление преступности требуют определённых усилий, затрат и даже жертв. Впрочем, напомню слова святителя Московского Филарета, сказанные ещё в середине прошлого века: “Как вы пришли в страну, где есть беспорядки привычные, то надобно как можно тихо приводить людей к порядку, чтобы порядок не показался стеснением”».
12 июня 1997 года Патриарх Алексий II в сопровождении митрополита Смоленского и Калининградского Кирилла и группы паломников из ста человек прибыл в Иерусалим на празднование 150-летия Русской духовной миссии на Святой земле. Совершив поклонение живоносному Гробу Господню, он встретился с Иерусалимским Патриархом Диодором, который тоже находился в непростых отношениях с Константинопольским Патриархом Варфоломеем. Диодор тяжко страдал сахарным диабетом. Это был замечательный пастырь, его при жизни многие называли святым.
На следующий день Святейший посетил место Вознесения Господня на Елеонской горе, гробницу в Вифании, из которой Спаситель Своим словом воскресил праведного Лазаря, гробницу Богородицы в пещерном храме в Гефсимании, поклонился мощам княгини Елизаветы и инокини Варвары в храме равноапостольной Марии Магдалины русского женского монастыря в Гефсимании, принадлежащем Русской Зарубежной Церкви. В тот же день он почтил своими визитами премьер-министра Израиля Беньямина Нетаньяху и мэра Иерусалима Иехуда Ольмерта. Они пообещали содействовать проведению церковных торжеств в 2000 году, когда множество паломников прибудут в Святую землю для участия в праздновании 2000-летия пришествия в мир Иисуса Христа.
В ночь под Троицкую родительскую субботу Предстоятель Русской Церкви совершил у Гроба Господня Божественную литургию пасхальным чином под пение хора московского подворья Троице-Сергиевой лавры. На следующий день Святейший приехал в Горненский женский монастырь, отслужил литию по почившим насельницам обители, совершил молебен о завершении строительства монастырского собора в честь Всех Святых, в земле Российской просиявших.
Вечером в канун праздника Троицы он возглавил всенощное бдение в Свято-Троицком соборе миссии, а в самый день праздника там же отслужил обедню. Затем посетил священное место Тайной вечери — Сионскую горницу, где в день Пятидесятницы Дух Святой сошёл на апостолов. В тот же день в зале торжеств иерусалимской гостиницы «Царь Давид» состоялся юбилейный акт, посвящённый 150-летию Русской духовной миссии, окончившийся банкетом.
16 июня, в День Святого Духа, Святейший отправился в арабскую часть Израиля — в Вифлеем. Там, в базилике, воздвигнутой над местом рождения Иисуса Христа, он совершил литургию совместно с греческим и русским духовенством, поклонился священному месту Рождества Спасителя в пещере под алтарём базилики, посетил пещеру вифлеемских младенцев, убитых Иродом, побывал на поле, где ангелы явились пастухам и возвестили о родившемся Христе: «Слава в вышних Богу, и на земли мир, в человецех благоволение!»
Вечером в Вифлееме глава Палестинской автономии Ясир Арафат устроил в честь Алексия II приём. В Палестине среди арабов довольно высокий процент христиан.
В тот же день Патриарх Алексий удостоил своим визитом президента Израиля Эзера Вейцмана, побывал на русском участке в Хевроне, к югу от Вифлеема, где всё ещё жив древний дуб Мамврийский, под которым Авраам угощал Божьих посланцев, олицетворявших Святую Троицу.
Вернувшись в Иерусалим, он снова явился в храм Воскресения, приложился к вечно душистому Камню помазания, молился в пещере Гроба Господня, с благоговением обошёл все приделы храма, поднялся на Голгофу и припал к месту, на котором был некогда установлен крест Христов.
Два последних дня своего паломничества Святейший посвятил древним православным обителям Иудейской пустыни, побывал в монастыре преподобного Георгия Хозевита, совершил восхождение на Сорокадневную гору близ Иерихона, на которой после сорокадневного поста Спаситель отверг дьявольские искушения. Далее он посетил берег Иордана, гору Фавор, Назарет, город, где проживает наибольшее количество арабов-христиан, и участок нашей духовной миссии на берегу Тивериадского озера, в Магдале, близ родонового источника Марии Магдалины, купание в котором весьма целебно. Совершив молебен, Предстоятель освятил закладной камень гостиницы для паломников. Далее он отправился в израильское приморье, посетил Хайфу и Яффу.