Приближалась восьмидесятая годовщина чудовищной расправы над семьёй последнего российского императора в Екатеринбурге. Ельцину во что бы то ни стало хотелось обелить себя: ведь все знали, что, будучи в своё время первым секретарём Свердловского обкома ЦК КПСС, он руководил сносом дома Ипатьева, где произошёл расстрел царской семьи, и приказал закопать останки, найденные писателем Гелием Рябовым в 1979 году. Теперь эти же останки вновь были извлечены и вновь провозглашались царскими.
Конечно, он хотел получить и благословение Предстоятеля, но Церковь в отношении перезахоронения останков, найденных под Екатеринбургом, заняла весьма осторожную позицию. В интервью французской газете «Фигаро» Патриарх Алексий II сказал: «Для Церкви научные доводы, подчас основанные на ложных предпосылках, не имеют безусловно решающего значения, хотя и принимаются во внимание. Главное — стремиться познать волю Божию, особенно учитывая, что речь идёт не о простых останках, а о прахе людей, вопрос о канонизации которых будет весьма скоро рассматриваться высшей соборной инстанцией. Если канонизация произойдёт, почитание подвига жизни святых в их останках не должно вызывать соблазнов. И поэтому отсутствие ясного указания на то, что Сам Бог благословляет это почитание, не даёт Церкви права принять однозначное решение. Святые мощи открывает людям Сам Господь, и до Его ясного благоволения Церковь будет неизменно проявлять крайнюю осторожность в данном вопросе именно потому, что имеет в виду возможность канонизации. Но ведь и мнения учёных значительно расходятся. Я получаю немало свидетельств учёных, которые не соглашаются с выводом об окончательной идентификации останков».
А 11 июня Святейший выступил с посланием, в котором, в частности, говорилось: «...Мы глубоко сожалеем о том, что скорбная годовщина убиения Государя и его семьи омрачена ожесточёнными спорами вокруг вопроса об останках, найденных под Екатеринбургом... 17 июля в Санкт-Петербурге, в соборе Святых апостолов Петра и Павла, эти останки будут захоронены. По заключению Государственной комиссии они были идентифицированы с останками царской семьи. Как известно, решение Комиссии вызвало двоякую реакцию в нашем обществе и в Церкви. Наравне с теми, кто доверяет выводам Комиссии, существуют и те, кто эти выводы не принимает. Суждение церковной и светской общественности оказалось разделённым, причём разделение носит явно конфронтационный, болезненный характер. В этой ситуации Священноначалие, имеющее своим долгом заботу о единстве Церкви и содействие гражданскому миру и согласию, самой логикой возникшего конфликта призывается к тому, чтобы воздержаться от поддержки той или иной точки зрения».
На следующий день в Кремле проходил приём по случаю празднования Дня российской независимости, который Ельцин с этого года предложил именовать «Днём России». На приёме к Святейшему подошли мэр Петербурга Владимир Яковлев и Борис Немцов, занимавший тогда пост первого заместителя председателя правительства России. Немцов сказал:
— Проявите человеколюбие, приезжайте на похороны.
Святейший ответил:
— Разве когда Церковь принимает специальное послание в связи с восьмидесятилетием гибели царской семьи и предписывает совершить панихиды во всех храмах Русской Православной Церкви, это не проявление человеческих чувств уважения, чувств покаяния перед тем, что было совершено?
Накануне 17 июля Патриарх твёрдо заявил, что не намерен участвовать в церемонии захоронения. Ельцин был разочарован его позицией и в итоге сам отказался ехать в Петропавловскую крепость. Таким образом, событие, обещавшее стать значительным и пышным, лишилось двух главных действующих лиц — президента страны и Предстоятеля Церкви.
Наступил последний год, начинающийся с цифр 1 и 9. Рождество Христово Патриарх Московский и всея Руси Алексий II встречал на Святой земле, в Иерусалиме и Вифлееме.
В Рождественском приветствии российским телезрителям и Рождественском послании к Церкви он вновь с огромным прискорбием говорил о том, что творится в России: