Предстоятель вручил председателю документ о концептуальных основах церковно-государственного и церковно-общественного взаимодействия в связи с празднованием 2000-летия Рождества Христова.
— Главной идеей представленного документа, — сказал Святейший, — является восприятие юбилея как уникальной возможности для глубинного осмысления хода мировой истории, нацеленного на её решительное изменение.
Он готовился к двухтысячному Рождеству Христову как к возможности вновь и вновь обратиться к человечеству со словами о том, что Спаситель явился в мир, дабы очистить его от скверны, дабы воссиял в мире Свет Разума. Две тысячи лет прошло с того дня, озарённого светом Вифлеемской звезды, но человечество по-прежнему равнодушно ко гласу вопиющего в пустыне.
«Чёрный сентябрь» 1999 года. Сначала теракт 4 сентября в дагестанском Буйнакске: взрыв жилого дома, в котором погибли 64 человека, из них 23 — дети, 146 человек были ранены. Через четыре дня — взрыв в Москве на улице Гурьянова ровно в полночь, более ста погибших, семьсот раненых. Ещё через пять дней ранним утром взорван дом на Каширском шоссе, 124 человека погибли, ранены — семеро. Ещё через три дня взрыв в Волгодонске Ростовской области. Здесь 19 погибших при 89 раненых. Страшная статистика! Каждое утро люди в России просыпались и радовались, что ещё живы... Шарили по подвалам, не заложена ли там взрывчатка, дежурили у подъездов по ночам. С подозрением присматривались к каждому оставленному у подъезда незнакомому автомобилю.
По официальной версии весь этот ужас — дело рук главарей вооружённого формирования Исламский институт «Кавказ» Эмира аль-Хаттаба, Абу Умара и их боевиков. Бывшие сотрудники ФСБ Литвиненко и Трепашкин совместно с политологом Пионтковским запустили свою версию: мол, взрывы были организованы ФСБ для поднятия будущего рейтинга Путина, который придёт после Ельцина и наведёт порядок.
Патриарх молился о душах убиенных и о прекращении цепи терактов, которым, казалось, уже не будет конца. 18 сентября он был в Ростове-на-Дону — через два дня после взрыва в Волгодонске. В кафедральном Богородице-Рождественском соборе обращался к пастве:
— Сегодня на этой земле траур — день скорби по тем, кто погиб в результате террористического акта в Волгодонске. Мы выражаем глубокое сочувствие тем, кто пострадал в результате этого террористического акта, молимся о них, молимся о тех, кто находится в больнице, выражаем соболезнование родным и близким пострадавших... Мы живём в непростое время, время многих испытаний. Но на этом пути есть и духовные радости, которые дают нам силы и мужество превозмогать трудности и совершать наш жизненный путь во славу Божию, на благо Церкви Христовой, на благо нашего земного Отечества, на благо наших ближних.
Затем Святейший посетил Новочеркасск, Пензу, Сыктывкарскую и Архангельскую епархии. В октябре — Самару и Тольятти.
12 ноября он выступил с заявлением по поводу ситуации в Чечне и вокруг неё, в котором подчеркнул, что Церковь «поддерживает антитеррористические цели, поставленные российской государственной властью перед воинством и правоохранительными органами».
Подводя итог XX веку, Патриарх Алексий II писал в своей фундаментальной статье «Столетие трагедий, столетие надежд»: