Вскоре Предстоятель и новоизбранный президент вместе поздравляли с девяностолетием старца. Иоанна (Крестьянкина), архимандрита Псково-Печерского монастыря. А 17 апреля Патриарх откликнулся на просьбу журнала «Российская Федерация сегодня» и в статье «Надеюсь на возрождение России» высказал мысли в связи с избранием Путина: «Сейчас, когда мы входим в новый век и новое тысячелетие, наш народ заслуживает лучшей доли. Без достойной жизни сегодня страна не сможет построить лучшее будущее. Думаю, что это ныне понимают большинство людей разных поколений и призваний. Народ доверил Владимиру Владимировичу Путину стать главой Российского государства на рубеже столетий в момент, который естественно воспринимается людьми как поворотный и судьбоносный. Убеждён, что у новоизбранного Президента есть прекрасные Богом данные качества, необходимые лидеру великой страны. Это и решительность, и ответственность, и здравомыслие, и умение прислушаться к чужому мнению. Господь наделил его добрым сердцем, способным сострадать и проявлять искреннее участие. Надеюсь на успешность трудов Владимира Владимировича. Пусть они принесут благо Отчизне и её народу».
Особой стала и инаугурация нового президента страны. Во-первых, она проходила в воскресенье Светлой Пасхальной седмицы, а во-вторых, Путин лично обратился к Патриарху, чтобы тот торжественно благословил его не только в Большом Кремлёвском дворце, но и в Богоявленском соборе. 7 мая Предстоятель благословил в Богоявленском Елоховском соборе Владимира Владимировича и его супругу Людмилу Александровну образом святого благоверного князя Александра Невского, передал мозаичные образы Спасителя и Николая Мирликийского для Спасской и Никольской башен Кремля и произнёс слово напутствия. Впервые после 1917 года главу государства благословлял перед вступлением в должность Предстоятель Русской Православной Церкви. И впервые после 1682 года — Патриарх Московский и всея Руси. В 1682 году Патриарх Адриан благословлял Петра I и брата его Иоанна V, затем при Петре патриаршество было отменено и государей венчали на царство митрополиты.
Вскоре после вступления в должность нового президента Патриарх Алексий II отправился в Японию, по пути посетив Приморье. Это была для него в какой-то степени юбилейная поездка, поскольку Владивостокская епархия — семидесятая, которую ему довелось посетить за годы патриаршего служения. 14 мая Его Святейшество совершил возведение в сан митрополита Токийского и всея Японии епископа Киотоского Даниила (Наширо). 16 мая Патриарх побывал в Киото и с вокзала направился в Благовещенский храм, хранящий живую память о святителе Николае (Касаткине), по благословению которого он был построен на пожертвования православных японцев и благотворителей из России. 17 мая в Токио состоялась встреча Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II с императором Японии Акихито и в тот же день — с министром иностранных дел Ехей Коно. Всюду говорилось о том, что впредь наши страны должны отказаться от применения вооружённой силы в отношении друг друга.
Вернувшись на родину, 30 мая 2000 года Святейший Патриарх возглавил церемонию перезахоронения праха выдающегося русского писателя Ивана Сергеевича Шмелева. Полвека он покоился на кладбище Сен-Женевьев-де-Буа под Парижем и вот вернулся домой. Сотни людей пришли поклониться его останкам. Стояли с зажжёнными свечами.
10 июня 2000 года Русская Православная Церковь торжественно отпраздновала десятилетний юбилей интронизации своего Предстоятеля. Святейший был награждён орденом Святого равноапостольного князя Владимира 1-й степени.
В июне Путину удалось сделать один из самых успешных шагов — привлечь на свою сторону и назначить главой администрации Чечни прежнего яростного врага России муфтия Ахмата Кадырова, отныне ставшего другом. 25 июля 2000 года Кадыров со своей стороны тоже сделал решительный и важный шаг — издал указ о запрете ваххабизма, главной заразы всего мусульманского мира. Отныне можно было вздохнуть с облегчением — кажется, дела на Кавказе и впрямь налаживаются!
В июле Предстоятель вновь посетил возлюбленный им Валаам. Эта поездка оказалась юбилейной — десятой по счёту начиная с 1938 года, когда девятилетним мальчиком он впервые ступил на эту землю.