В августе в зале Церковных Соборов храма Христа Спасителя собрался юбилейный Архиерейский Собор Русской Православной Церкви, шестой по счёту за время Патриаршества Алексия II. На нём Святейший выступил с фундаментальным докладом, продолжавшимся несколько часов. В докладе Предстоятель очертил историю Православия в России и дал объёмную картину сегодняшнего состояния нашей страны и всего мира. Подробно рассказав о своих пастырских визитах последних нескольких лет, Святейший описал состояние епархиальной и приходской жизни в России. Он вновь говорил о недостаточно высоком уровне богословского образования духовенства, о необходимости налаживать связи с местными администрациями, о тревожной тенденции нападок на архиереев в средствах массовой информации и случаях раскольнической деятельности внутри самой Церкви, о нередкой грубости и нечуткости священников к пастве, о церковном мздоимстве... Всё это он терпеливо твердил из года в год, чтобы, наконец, пробить глухую стену. Предстоятель с любовью, но и строгостью говорил о монастырях и монашестве. Говоря о всецерковном бюджете и финансово-хозяйственной деятельности, Святейший подчеркнул, что основные расходы идут на финансирование духовных учебных заведений, Отдела внешних церковных сношений, в том числе зарубежных приходов и представительств, Отдела религиозного образования и катехизации, Отдела по взаимодействию с вооружёнными силами и правоохранительными учреждениями, Учебного комитета, общецерковных программ и мероприятий, реставрации и восстановления храмов и монастырей, содержание Московской Патриархии. При этом в последние годы бюджет значительно снизился из-за тяжёлой экономической ситуации в стране. Говоря об издательской деятельности, Патриарх порадовался количеству издаваемой продукции, но при этом отметил нередко низкое её качество. Он говорил об особенностях работы с молодёжью, о благотворительности и социальном служении при том бедственном состоянии, в котором Россия подошла к юбилею Рождества Христова.
Одной из важных тем доклада стало и миссионерство. Святейший Патриарх затронул темы взаимоотношения Церкви с армией и правоохранительными органами, пастырского служения в местах лишения свободы. Особое внимание уделил межправославным связям и международным отношениям. О Русской Зарубежной Церкви сказал прямо, что если она не вернётся в лоно Матери-Церкви, то вскоре может стать вовсе не русской, а со временем и вообще исчезнуть. Будучи некогда активным сторонником и участником экуменического движения, в те годы, когда оно способствовало налаживанию мира во всём мире и предотвращению третьей мировой войны, теперь Патриарх Алексий II постоянно критиковал экуменизм, выявлял его перерождение и вырождение. Святейший затронул и тему взаимодействия Церкви и государства в сложных вопросах, вызывавших жаркие споры в последние годы. Словом, не было темы, которой бы не коснулся Предстоятель в этом обширном докладе.
Собор причислил к лику святых Русской Православной Церкви для общецерковного почитания ряд подвижников веры и благочестия, установил памяти в честь новых святых, постановил считать их останки, если таковые сохранились, святыми мощами, а также определил составить вновь прославленным святым особые службы. За всю историю Церкви в один день не было причислено к лику святых столько подвижников и мучеников за веру Христову! Собор рассмотрел материалы о 814 подвижниках, чьи имена известны, и о 46 подвижниках, имена которых установить не удалось. Свидетельства об этих святых поступили из тридцати епархий и пяти ставропигиальных монастырей. К этому числу 860 подвижников в Собор новомучеников и исповедников Российских для общецерковного почитания включены имена 230 ранее прославленных новомучеников в лике местночтимых святых в следующих епархиях: Алматинской, Костромской, Казанской, Красноярской, Московской, Омской, Пермской, Рязанской, Тверской, Уфимской, в Украинской Православной Церкви и в Белорусском Экзархате. Рассмотрев вопрос о канонизации царской семьи, члены Собора приняли решение о прославлении императора Николая II, императрицы Александры и чад их: Алексея, Ольги, Татьяны, Марии и Анастасии как страстотерпцев в Соборе новомучеников и исповедников Российских.
Далее Собор выслушал доклады архиереев о деятельности Церкви по всем пунктам, изложенным в докладе Предстоятеля, и принял соответствующие определения дальнейшей деятельности по всем направлениям. Было направлено письмо президенту Путину о дальнейшем и окончательном возвращении церковной собственности.
Увы, Собор собрался в те дни, когда вся страна с замиранием сердца следила за поступающими сведениями о затонувшем подводном атомном ракетном крейсере «Курск». О том, что спасти никого не удалось, станет известно уже после Собора и других юбилейных торжеств, и 22 августа Святейший выступит со скорбным телеобращением.