Одним из заметных событий 2000 года стал выход первого тома «Православной энциклопедии», которую по благословению и при непосредственном попечении Патриарха Алексия II начал выпускать издательский центр под руководством Сергея Леонидовича Кравца. Знакомство Патриарха с книгоиздателем началось в 1992 году, когда тот задумал переиздание «Истории Русской Церкви» митрополита Макария. Патриарх вызвался помогать. Как вспоминал потом Кравец: «Первое, что удивило, — это реакция Патриарха на незнакомого человека, и эта реакция была доверие. То есть он исходил из того, что пришли не для того, чтобы его обманывать, а для того, чтобы сделать что-то полезное, и предлагают ему какую-то живую важную идею... Мне кажется, что Патриарх Алексий по своему складу потенциально мог бы стать хорошим историком, если бы служение иерарха Церкви не отнимало у него почти всё время. Именно потому, что в нём не было желания подчинить реальность какой-то своей собственной теории или парадигме, что губит многих хороших историков. В нём было доверие к истории, и в нём было очень глубокое понимание того, что исторические процессы прошлого влияют на сегодняшнюю жизнь, иногда прямым образом, иногда косвенно... Он был очень систематичен и очень аккуратен в собственных наблюдениях. Когда он стал архиереем в Эстонии, он на протяжении десятков лет ежегодно, систематически делал записи о том, сколько людей к нему подошло под помазание за всенощной в такой-то праздник, в такой-то церкви, сколько людей было в церкви, сколько около церкви стояло машин, автобусов, мотоциклов, велосипедов и даже подвод. Патриарх указывал в записях, на каком языке он служил (на церковнославянском или эстонском), указывал, почему он служил на том или ином языке, пояснял, в каких приходах больше православных эстонцев, в каких русских и т. д. Всё это записывалось, очень точно, до одного человека. Казалось бы, зачем нужна такая статистика, да ещё в советские годы, когда её нельзя было афишировать? Но, когда эта статистика выстраивается за 30 лет, это даёт огромный исторический материал!
Поэтому, когда мы, публикуя его книгу “Православие в Эстонии” и вместе с ним продолжая эту книгу до более поздних времён, задумались об источниках, записи Патриарха оказались очень востребованным историческим материалом. Обычно сегодня доступны такие источники по новейшей церковной истории, как рапорты, донесения, доклады уполномоченных Совета по делам религий. Ими в основном и пользуются историки. Но в отношении Православной Церкви в Эстонии во 2-й половине XX века у нас есть ещё и этот уникальный источник — записи Патриарха Алексия. Причём данные в этих записях и сведения из донесений уполномоченных часто принципиально расходятся. Конечно, уполномоченные часто скрывали неблагоприятные для них факты или вообще фантазировали... Патриарх сам много работал в архивах, сам подбирал материалы для своей диссертации, всё это давало возможность ему реализоваться как учёному. Но, к сожалению, жизнь не дала ему в полной мере проявить себя как историку. Он был невероятно загружен работой и как правящий архиерей, и как управляющий делами Московской Патриархии. В сущности, диссертация, которую он написал, стала возможна только по причине его инфаркта в середине 1970-х годов. Из-за этого ему пришлось взять некоторое время для лечения и отдыха. И в это самое время он смог, наконец, подготовить диссертацию в результате этого вынужденного отпуска...»
После издания «Истории Русской Православной Церкви» митрополита Макария и возникла идея начать издание полномасштабной «Православной энциклопедии». Кравец принялся издавать её под непосредственным руководством Предстоятеля.