Митрополит Филарет (Денисенко) ничего не мог поделать, да он и не имел к себе должного уважения в собственном Экзархате, поскольку, как пишет в своей книге «Автокефалистские расколы на Украине в постсоветский период 1989—1997» В. И. Петрушко, то была «личность откровенно коррумпированная и безнравственная. Ни для кого на Украине не было секретом, что митрополит открыто попирал монашеский обет безбрачия, сожительствуя с некоей Евгенией Родионовой». Эта властная женщина, дочь высокопоставленного украинского советского чиновника, с юности являлась его незаконной супругой. Денисенко был при ней подкаблучником, и в народе Евгению Петровну именовали «владычицей Киевской и всея Украины». «Одиозная личность Экзарха Украины немало способствовала дискредитации Русской Православной Церкви и её Украинского Экзархата. Митрополит Филарет, управлявший Киевской митрополией грубо и деспотично, стал причиной ухода из юрисдикции Московского Патриархата множества клириков и мирян, не желавших более испытывать на себе произвол первоиерарха Украинской Церкви».
В итоге под занавес 1989 года Синод принял решение о созыве внеочередного Архиерейского Собора, посвящённого именно украинским бедам. И он состоялся в два последних дня января 1990-го. Страдалец Пимен председательствовал на нём. Перед самой смертью ему — а потом точно так же перед самой смертью и его преемнику — пришлось расхлёбывать пересоленный и переперченный украинский борщ.
На Соборе открыто прозвучало, что после предательской встречи Горбачёва с папой Иоанном Павлом Войтылой Украинская раскольничья Церковь обрела законный статус и пошла в решительное наступление. На требование Патриарха Пимена пресечь узаконивание раскольников на Украине генсек Горбачёв ответить не соизволил.
В президиуме Собора между Патриархом Пименом и митрополитом Алексием сидел с недовольным видом Христораднов. Отделись Украинская Церковь, ему же меньше хлопот будет, вероятно, размышлял он, слушая взволнованные речи архиереев.
Собор выработал обращение к правителям СССР и Украины с просьбой «способствовать немедленному прекращению актов насилия и беззакония со стороны униатских экстремистов». Горбачёву была направлена особая телеграмма с требованием вмешаться, хотя ясно было, что Михаилу Сергеевичу это безразлично, ведь он отрадно кивал, хлопая влюблёнными глазами, только когда к нему обращались с просьбами лидеры «прогрессивного человечества».
Разработанное архиепископом Кириллом Положение о Экзархатах Московского Патриархата было внесено в Устав об управлении Русской Православной Церкви. При этом Собор упразднил зарубежные экзархаты, подчинив девять зарубежных епархий Патриарху и Синоду.
Таким было последнее важное деяние Святейшего Патриарха Пимена. Впереди у него оставались мучительное угасание и рождение в жизнь вечную. Он принял Русскую Православную Церковь не в руинах, как Патриарх Сергий (Страгородский), но всё же изрядно измотанную за время хрущёвской «оттепели», а оставлял её хотя и в состоянии смуты, вызванной украинской самостийщиной, но окрепшей, имеющей более одиннадцати тысяч приходов.
Для митрополита Алексия его первый патриарший год начался с того, что он весь январь почти ежедневно служил в храмах Северной столицы, Новгородской и Таллинской епархий, о чём свидетельствуют его записи, по-прежнему вносимые бисерным почерком с немецкой педантичностью. Он мечтал вернуть Церкви два огромных питерских храма — Исаакиевский и Казанский соборы. Оба они оставались музеями. В Исаакии с потолка свисал маятник Фуко, наглядно показывающий посетителям, как вращается планета Земля, а в Казанском по-прежнему размещался Музей истории религии и атеизма. В праздничный день Рождества Христова 7 января 1990 года по распоряжению Гидаспова митрополиту Алексию разрешили отслужить в Казанском соборе молебен и литию.
В конце января он участвовал в Архиерейском Соборе, а по сути дела руководил им. В феврале, марте и апреле вновь очень часто служил в Таллине, в городе на Неве, в Пюхтице, в Новгороде. Он будто спешил как можно больше отслужить здесь, в огромной своей Северо-Западной епархии, поскольку при всех обстоятельствах душою-то чуял грядущую великую перемену в жизни. Ему предстояло взять патриарший жезл в эпоху глобальных перемен, сопоставимых с теми, что свершались, когда Патриархом стал Тихон. Падали все дальние и ближние бастионы империи, созданной Лениным и Сталиным, откалывались европейские союзники — ГДР, Польша, Чехословакия, Румыния, Венгрия, Болгария, прибалтийские республики, Закавказье. Скоро и сам великий и могучий Советский Союз рассыплется на составляющие. Третий съезд народных депутатов, состоявшийся в марте, избрал Горбачёва «Горби», как фамильярно-снисходительно именовали его на Западе, первым (и последним) президентом СССР и отменил однопартийную систему.