Все члены Поместного Собора поставили подписи под грамотой, которая тотчас была зачитана: «Высокопреосвященнейшему Алексию, митрополиту Ленинградскому и Новгородскому. Изволением Святого Духа Освящённый Собор Русской Православной Церкви, собравшийся в Свято-Троицкой Сергиевой лавре, в составе Преосвященных архипастырей, представителей клира, честного иночества и мирян Русской Православной Церкви, избрал Вашу Святыню Патриархом Московским и всея Руси».
8 июня Поместный Собор, уже под его руководством, провёл второй день заседаний, где решалось довольно много вопросов, из которых главными были общение с католиками, раскольниками-униатами и зарубежниками. Поместный Собор заканчивал свою работу ещё одним радостным для Святейшего событием — прославлением в лике святых праведного Иоанна Кронштадтского: «На закрытии Поместного Собора, в своём первом слове в качестве Патриарха, я так и сказал, что нахожу подкрепление в предстоящем мне служении ещё и в том, что вступление моё на престол Московских святителей соединилось во времени с великим церковным торжеством — прославлением святого праведного Иоанна Кронштадтского — чудотворца, чтимого всем православным миром, всей Святой Русью, место погребения которого находится в городе, который до сего времени был моим кафедральным градом. Также я позволил себе выразить соборную надежду на то, что канонизация святого праведного Иоанна Кронштадтского послужит единению всероссийской православной паствы».
Около семи часов вечера Поместный Собор закончился, после заключительного слова нового Патриарха хор пропел великое славословие.
— Будем же соборне продолжать наше служение! Христос посреди нас! — возгласил Святейший.
— И есть, и будет, — дружно ответили соборяне.
И вот уже наступил второй день его Патриаршества, а за ним и третий... В субботу 9 июня Святейший отдыхал, готовился к завтрашней интронизации. Она состоялась в неделю Всех Святых в Богоявленском Елоховском соборе Москвы. Божественную литургию Святейшему помогали совершать Католикос-Патриарх всей Грузии Илия II, представитель Патриарха Антиохийского епископ Филиппопольский Нифон, постоянные и временные члены Священного Синода и многочисленное духовенство. Около девяти часов утра Святейший прибыл в собор, на кафедре состоялось облачение по патриаршему чину с возложением великого парамана с крестом.
— Святый Боже, Святый крепкий, Святый бессмертный, помилуй нас! — трижды пропели хор и собравшиеся.
— Призри с небесе, Боже, и виждь, и посети виноград сей, и утверди и, его же насади десница Твоя, — возгласил новый Патриарх.
Все в храме стали возжигать свечи. На горнем месте рядом с Патриархом встали Белорусский и Украинский Экзархи, оба Филарета. Митрополит Минский возгласил:
— Вонмем!
Митрополит Киевский продолжил:
— Божественная благодать, немощная врачующи, оскудевающая восполняющи и промышление всегда творящи о святых своих православных Церквах, посаждает на престоле святых первосвятителей Российских — Петра, Алексия, Ионы, Макария, Филиппа, Иова, Гермогена и Тихона — отца нашего Алексия, Святейшего Патриарха великого града Москвы и всея Руси, во имя Отца. Аминь. Аксиос!
Два Экзарха усадили наречённого Патриарха на горнем седалище и тотчас, взяв его под руки, подняли.
— Аксиос! — возгласило духовенство.
— Аксиос! Аксиос! Аксиос! — поочерёдно возгласили три хора.
— Аксиос! Аксиос! Аксиос! — трижды повторили все верующие в храме.
— И Сына. Аминь! — произнёс Филарет Киевский.
— Аксиос! — возгласил Филарет Минский.
Экзархи во второй раз посадили и восставили Патриарха. Вновь прозвучало многократное «Аксиос!».
— И Святаго Духа. Аминь!
— Аксиос!
В третий раз усадили...
Собственно говоря, это троекратное усаживание на трон и есть главное действо интронизации, хотя сидение на троне не является главным в дальнейшей жизни Патриарха. Паства вообще почти никогда и не видит его сидящим на троне. Да ведь он и называется не председателем, а Предстоятелем! Человек, обладающий светской государственной властью, действительно чаще всего председательствует перед своим народом. Иное дело Патриарх — он предстоятельствует пред Богом за свой народ, на коленях перед Всевышним молит Творца: да пощадит Он своё грешное творение. Поразительно то, что само слово «предстоятель» отсутствует в других языках, кроме русского, украинского, белорусского, болгарского, сербского. В других его заменяет слово «примат» — «первенствующий», но насколько богаче и полнее слово «предстоятель»!
В чинопоследовании интронизации, пожалуй, важнее не усаживание на трон, а поднятие с трона, после которого Патриарх из председателя снова становится Предстоятелем.
И вот Святейшего Патриарха вновь под руки подняли с трона два Филарета. Ключарь и диаконы поднесли на блюде новый саккос и омофор — верхнее облачение иерарха, подали две панагии и крест. Иподиаконы переоблачили Патриарха. Филарет Минский в Царских вратах возгласил ектению:
— Ещё молимся о спасении и заступлении Святейшего Отца нашего Алексия, ныне посаждаемого Патриарха, рцем вси прилежно...