В первых числах июня владыка Алексий прибыл в Москву, где 6-го числа в Свято-Даниловом монастыре собрался Архиерейский Собор Русской Православной Церкви. Председательствовал митрополит Киевский и Галицкий, Патриарший Экзарх Украины Филарет (Денисенко), наиболее вероятный соискатель Патриаршего престола, его местоблюститель. На повестке дня стоял один вопрос — выдвижение всех соискателей. На тот день епископат насчитывал девяносто два архиерея, из них могли выдвигаться семьдесят пять. Остальные либо не были гражданами СССР, либо не достигли сорокалетнего возраста. И то и другое было, согласно уставу, препятствием к выдвижению.
В соответствии с принятой процедурой голосования каждый архиерей мог голосовать за одного, двух или трёх архиереев, вычёркивая остальных из списка. Итоги тайного голосования оказались несколько неожиданными: митрополит Ленинградский Алексий (Ридигер) — 37 голосов, митрополит Ростовский Владимир (Сабодан) — 34 голоса, митрополиты Киевский Филарет (Денисенко) и Крутицкий Ювеналий (Поярков) — по 25 голосов каждый. Поскольку соискателей долженствовало выбрать троих, прошёл второй тур тайного голосования отдельно по кандидатурам Филарета и Ювеналия, и Филарет получил теперь 34 голоса, а Ювеналий всего на один голос меньше — 33. Итак, завтра предстояло голосовать за Алексия, Владимира и Филарета, из которых первый неожиданно оказался лидером.
Утром 7 июня Троице-Сергиева лавра встречала участников Поместного Собора, в числе которых были 90 архиереев, 92 клирика, 88 мирян, 39 посланников монастырей и 8 представителей духовных школ. Итого, 317 делегатов. В Троицком соборе лавры совершилась Божественная литургия, после которой местоблюститель Филарет возгласил:
— Приспело время явить свидетельство соборного служения и в нём познать волю Божию о имени Предстоятеля Русской Церкви. Господи! Сердцеведче всех! Действием Духа Святаго покажи нам того, кого Ты избираешь принять жребий патриаршего служения!
Хор пропел:
— Бог Господь! И явися нам! Благословен грядый во имя Господне!
В полдень в Сергиевом трапезном храме началось заседание. Местоблюститель снова держал речь, лживо провозглашая в ней то, против чего вскоре сам же и станет выступать:
— Главное, о чём мы сегодня молимся, — это о нашем единстве. Тысячелетняя история Русской Церкви, двухтысячелетний опыт Вселенского Православия с очевидностью свидетельствуют, что уклонение от чистоты веры и от полноты предания приводит лишь к смутам и расколам, раздирающим нешвенный хитон Христов. Да вразумит Господь всех тех, кто ищет славы человеческой, а не славы Божией — своего земного благополучия, а не жертвенного служения Церкви Христовой.
После голосования по новым кандидатурам список остался прежним: Алексий, Владимир и Филарет.
Приятным сюрпризом оказалось отсутствие каких-либо указующих наставлений со стороны Христораднова, который лишь выступил с приветственным словом. «Поместный Собор 1990 года был первым Собором в послевоенный период, который проходил без вмешательства Совета по делам религий, — вспоминал впоследствии Святейший. — Это, конечно, стало большой неожиданностью для всех. И я отчётливо увидел на лицах многих печать растерянности. Люди просто недоумевали — где же указующий перст? Но его как раз и не было, решать предстояло самим».
Наступило время голосования, участники Собора получили бюллетени, заполнили их и опустили в урну. Из розданных 318 бюллетеней в урне оказалось 317. Кто-то решил не опускать свой бюллетень. Шесть бюллетеней оказались недействительными, ибо были неправильно заполнены. Наконец, председатель счётной комиссии митрополит Сурожский Антоний (Блум) огласил итоги: за владыку Алексия — 139 голосов, за Владимира — 107, за Филарета — 66. Поскольку ни один не набрал 50 процентов, то есть 157 голосов, предстояло во втором туре выбирать теперь из двух соискателей. Результаты второго тура оказались следующими: количество голосовавших — 317; количество бюллетеней в урне — 317, из них недействительных 8 и действительных 309; за митрополита Ленинградского и Новгородского Алексия проголосовало 166 человек; за митрополита Ростовского и Новочеркасского Владимира проголосовало 143 человека.
Алексий (Ридигер) — пятнадцатый Патриарх Московский и всея Руси! Это свершилось 7 июня 1990 года в 22 часа 20 минут по московскому времени.
— Какое-то время я просто не мог поверить в то, что всё происходящее вокруг касается меня непосредственно. Я — Патриарх?! — осознать это было совсем нелегко.
Председательствующий митрополит Филарет сокрушённым голосом вопросил:
— Владыка Алексий! Освящённый Поместный Собор Русской Православной Церкви избрал тебя Патриархом Московским и всея Руси. Приемлешь ли ты это избрание?
Как и полагается в таких случаях, избранник ответствовал:
— Избрание меня Освящённым Поместным Собором Русской Православной Церкви Патриархом Московским и всея Руси со благодарением приемлю и нимало вопреки глаголю.