Вскоре после того как американский президент покинул Париж, на родину возвратились и братья Даллес. Правда, несколько месяцев перед этим Аллен провёл в Берлине, куда в январе 1920 года был направлен Лансингом в качестве заместителя дипломатического представителя США в побеждённой Германии. Представительство (не посольство — дипломатических отношений не было) возглавлял Эллис Дризел, который до вступления США в войну уже работал в Берлине. Но Аллена тяготило пребывание в разорённой Германии, где сохранялась неспокойная обстановка и возникали кровопролитные стычки между крайне левыми и крайне правыми. Даже нормальное снабжение продовольствием официального представительства США никак не удавалось наладить.
Одной из важных задач американской внешней политики было установление нормальных межгосударственных отношений с Германией, с которой, как теперь оказывалось, США всё ещё находились в состоянии перемирия, а не мира из-за отказа Конгресса США в ратификации мирного договора. Именно в связи с этим в Берлин и была направлена американская дипломатическая миссия для переговоров о подписании мира и установления дипломатических отношений, в состав которой был включён Аллен Даллес.
Он внимательно наблюдал за внутренними беспорядками в этой стране, которую стали называть Веймарской республикой по названию города Веймар, в котором заседало Учредительное собрание и была принята германская Конституция. С большим интересом он следил за так называемым Капповским путчем — вооружённым выступлением консервативных сил во главе с промышленником и помещиком Вольфгангом Каппом в марте 1920 года, его неудачей, подавлением рабочих выступлений, последовавших за попыткой переворота. Аллен отнюдь не сочувствовал заговорщикам, но считал, что послевоенной Германии необходима сильная власть, и предпочитал диктатуру консерваторов и военных установлению чего-то, подобного советской власти в России. Именно в таком духе он вместе с Дризелом составлял рапорты о Капповском путче в Госдепартамент74
.В Берлине Аллен пробыл недолго. В мае 1920 года его вызвали на родину для доклада, после чего он попросил разрешения провести некоторое время с родными на севере штата Нью-Йорк. Кратковременный отпуск был предоставлен, хотя по всем правилам Аллену таковой ещё не полагался. Он не ожидал, что в Госдепартаменте уже было решено, что в Германию он не вернётся, а получит новое задание.
Ещё до Аллена на родину возвратился Фостер. Он возобновил адвокатскую деятельность, представляя главным образом интересы американского капитала в странах Латинской Америки. Аллен же продолжил работу в Государственном департаменте, занимаясь в основном обработкой разведывательной информации, поступавшей из американских посольств.
В Уотертауне, где Аллен проводил отпуск, он оказался желанным гостем. Его наперебой приглашали на вечеринки, во время которых девушки смотрели на 27-летнего молодого человека как на превосходного кандидата в женихи, а мужчины вступали с ним в серьёзные разговоры как с опытным уже, хотя и молодым дипломатом. Одна из девиц, 26-летняя Марта-Кловер Тодд, уже почти старая дева, дочь профессора-языковеда из Колумбийского университета, ему понравилась, он стал за ней ухаживать и уже через несколько дней сделал предложение. Как оказалось, Кловер, как её обычно называли, в конце войны побывала во Франции, в Париже, где работала на благотворительных началах в приюте для солдат, потерявших зрение. Тогда ей издалека показали молодого дипломата, он произвёл на неё впечатление человека тщеславного и напыщенного. Теперь всё было по-другому. Аллен вёл себя непринуждённо, был обходительным и внимательным. Кловер приняла его предложение, и 3 августа 1920 года они обвенчались.
Биографы сходятся на том, что их брак не был счастливым. Слишком уж разными были характеры: взрывной, холерический Аллен явно не соответствовал тихой, меланхоличной, замкнутой Кловер. Часто, просто в состоянии раздражения, он повышал на неё голос. Она не отвечала, а уходила из дому, долгими часами бродила по улицам городов, в которые забросила их судьба, а затем возвращалась домой. Наступало какое-то подобие мира, которое обычно продолжалось недолго, чтобы смениться вновь вспышкой гнева Аллена. Несколько раз супруги заговаривали о разводе, но так и не расстались. По всей видимости, некие чувства всё же притягивали их друг к другу и они оставались в браке до последних дней Аллена — почти 50 лет75
.Видимо, немалую роль в сохранении брака сыграла и протестантская традиция внешней, чисто формальной и в значительной степени лицемерной супружеской верности, и то, что у Даллесов родились трое детей — две дочери и сын, к которым Аллен относился вначале заботливо, но постепенно потерял к ним интерес. Семейные дела, даже связанные с родными детьми, со временем становились для него скучной обузой. Он всё более чувствовал себя человеком общества, всё время стремился быть на людях.