В годы своего президентства в отличие от революционного периода Джефферсон воздерживался от публичной критики рабства. Когда в 1800 г. в Виргинии, его родном штате, был раскрыт заговор рабов, Джефферсон предложил губернатору Дж. Монро выслать их в Африку, что должно было положить начало репатриации чернокожих. Эта идея, как и идея несовместимости двух рас, высказывалась им и ранее. В своем завещании он распорядился из более, чем двухсот своих рабов освободить пятерых. Все являлись родственниками Салли Хеммингс. В отношении индейцев Джефферсон следовал политике их приобщения к белой цивилизации, мало чем отличаясь от федералистов. В приниженном положении оставалась самая многочисленная группа белого населения – женщины. Т. Джефферсон полагал, что удел женщин – домашние заботы и воспитание детей, а из сферы политики они должны быть исключены. Идеал «равных естественных прав людей», провозглашенный в Декларации независимости 4 июля 1776 г., на практике распространялся на белых мужчин.
В массовом сознании белых начал культивироваться «человек, сделавший самого себя». Среди белых американцев укоренялась идея, что все они, независимо от происхождения, должны при обращении именоваться «джентльменами» и «мистерами». По европейским меркам подобная претензия со стороны нижних слоев была кощунством, но в Америке она прижилась, и джентльменами стали называть представителей разных социальных слоев.
Придя к власти, Джефферсон сменил антифранцузский курс федералистов на антианглийский. Улучшению отношений с Францией способствовала удачная сделка с Наполеоном Бонапартом, в результате которой Соединенные Штаты приобрели огромную территорию Луизианы. В 1803 г. Франция уступила ее Соединенным Штатам за 15 млн долл. Покупке Луизианы воспротивились федералисты, доказывавшие, что подобные меры не предусмотрены Конституцией США. Ранее сходный аргумент республиканцы использовали против экономических нововведений Гамильтона. Теперь республиканцы и федералисты поменялись местами. Верх одержали республиканцы, доказывавшие, что в Конституции есть «подразумеваемые права», т.е. такие, которые соответствуют общему благу, хотя прямо в Основном законе и не упоминались.
Англия отвечала на внешнеполитический выбор Джефферсона и республиканцев грубым попранием морских прав США. Англичане захватывали американские суда, арестовывали и судили матросов, выходцев из Великобритании, как «дезертиров». В 1807 г. морские права США подверглись грубому нарушению и со стороны Франции. Согласно английским указам, всем судам нейтральных стран, ведущим торговлю с Францией, предписывалось заходить в английские порты для досмотра и уплаты разрешительной пошлины, а в соответствии с французскими декретами иностранным судам под угрозой захвата и конфискации запрещалось бросать якоря у берегов Великобритании. В 1807 г. по предложению Джефферсона Конгресс США принял закон об эмбарго, наложивший фактически запрет на внешнюю торговлю Соединенных Штатов. В 1809 г. этот закон был заменен другой мерой, разрешавшей американским судам торговать со всеми государствами, за исключением Франции и Англии. В 1810 г. Франция отменила декреты, ограничивавшие американскую торговлю, а Англия проявила неуступчивость, ставшую важной причиной объявления Соединенными Штатами войны Лондону в 1812 г. и последовавшей затем «второй американской Войны за независимость», как стали ее называть в США.
Четвертого июня 1812 г. палата представителей семьюдесятью девятью голосами против сорока девяти одобрила послание президента. Восемнадцатого июня сенат девятнадцатью голосами против тринадцати высказался за объявление войны. Девятнадцатого июня Мэдисон объявил войну Великобритании. Противниками войны в самих США были штаты Северо-Востока, сохранявшие выгоды от экономических связей с Великобританией. Федералисты из этих штатов угрожали выходом из состава Союза. Сторонники войны еще до ее объявления образовали в Конгрессе США группу «военных ястребов», как их стали называть, обосновывавшую необходимость войны не только британскими нарушениями прав США, но и целесообразностью захвата Канады у Англии, погруженной в конфликт с Францией.
США потерпели неудачу в попытке захватить Канаду в самом начале войны. Американцы перешли к обороне. В Северную Америку прибывали английские войска, а британский флот заблокировал Восточное побережье Соединенных Штатов. После краха Наполеона в Европе Англия переправила 14 тыс. отборных войск в Соединенные Штаты. В августе 1814 г. три английских десанта высадились на юге, в центре и на севере США. Центральный десант в маршевом порядке захватил 24–25 августа столицу Вашингтон, сжег все правительственные здания, включая Белый дом и Капитолий. После этого десант покинул город.