К середине Второй Мировой войны подразделения батальона находились на территории США, Аляски, Алеутских и Гавайских островов, а также в Австралии, Индии и Африке. Посты радиоперехвата и радиопеленгации, находившиеся за рубежом, входили в состав войск связи соответствующих армейских командований. Отдельные подразделения батальона, например посты, расположенные в Беллмори (остров Лонг-Айленд) и Тарзани (штат Калифорния), использовались только для радиоконтроля за работой армейских радиостанций на территории США и в ведение радиоразведки не входили.
В марте 1943 года «SSB» стала называться Службой безопасности связи «SSS» (
Криптоаналитическому успеху «SSA» в достаточно большой степени также способствовало широкое применение вычислительной техники — сначала простых табуляторов, а в дальнейшем и вычислительных машин типа «RAM» (
В начале войны криптослужба имела всего 13 самых простых машин фирмы «IOM», которые обслуживались двадцать одним оператором из отдела «А». Нехватка специалистов по криптоанализу в это время составляла около тысячи человек. Выход из такого положения руководство Службы видело в более широком использовании средств вычислительной техники при решении задач по дешифровке.
Поэтому летом 1944 года в составе «SSA» было создано новое подразделение — отдел «G» (вычислительной техники), который к весне 1945 года насчитывал уже 407 машин и 1275 операторов. Увеличилась также численность отдела «В» до 2574 человек, 82 % которых было сосредоточено на дешифровке сообщений японской армии. Общая численность Агентства в то время составляла около десяти тысяч человек.
В течение всей войны наиболее численным среди подразделений Агентства был отдел «В» (радиоразведки и криптоанализа). Разведданные, подготовленные специалистами отдела на основании анализа перехваченных открытых и зашифрованных радиосообщений противника, направлялись в Управление военной разведки для их последующей оценки и использования.
Высокая ценность докладываемых данных была обусловлена тем, что за годы войны американским криптоаналитикам удалось раскрыть много кодов и шифров противника: в 1942 году ими был разгадан шифр ВМФ Японии, а в 1943 — армейские японские шифры.
Важным направлением в деятельности отделов «В» и «G» считалось также взаимодействие с Правительственной школой кода и шифра Великобритании по дешифровке сообщений немецких войск, использовавших шифромашину «Энигма». «Взлом» шифрованных сообщений «Энигмы» в первые годы войны осуществлялся в Блетчли-Парке и шёл достаточно трудно. Но после того, как с 1942 года английские криптоаналитики начали использовать быстродействующие машины «Колосс», процесс дешифровки значительно ускорился.
С появлением у американских специалистов вычислительных машин «RAM», превосходивших своим быстродействием английскую машину «Колосс», между Арлингтон-Холлом и Блетчли-Парком был установлен специальный канал связи. По нему из Великобритании передавались перехваченные английской радиоразведкой шифровки «Энигмы». Только за период с июля 1943-го по январь 1945-го в Арлингтон-Холл поступило 1357 немецких шифровок, из которых 413 было успешно дешифровано.
В 1943 году было начато строительство большого лампового компьютера «ENIAC» (
В связи с широким применением всеми воюющими странами средств радиоразведки важным направлением деятельности Арлингтон-Холла было обеспечение безопасности связи частей и подразделений американских сухопутных войск. Решение указанной задачи достигалось за счёт разработки новых кодов и шифров, создания новых образцов шифровальной аппаратуры, проведения мероприятий по радиомаскировке и контролю за соблюдением радиодисциплины операторами армейских радиостанций.