За несколько лет до начала Войны какое-то количество анабаптистских проповедников начало путешествовать по региону, распространяя революционные идеи против политической власти, церковных доктрин и даже против реформ Мартина Лютера. Среди этих людей были Томас Дрешель, Николас Сторч, Марк Томас Стюбнер и самый известный — Томас Мюнцер. Некоторые из них выступали за полную религиозную свободу, прекращение принудительного крещения и отмену правительства на земле. Не говоря уже о том, что их преследовали католические власти и сторонники Лютера, их изгнали из многих городов, но они продолжили путешествовать по Богемии, Баварии и Швейцарии, находя сторонников и подогревая крестьянскую непокорность.
В 1524 году крестьяне и городские рабочие встретились в регионе Шварцвальд (Шварцвальд, от нем. Schwarzwald — «чёрный лес» — горный массив в земле Баден-Вюртемберг на юго-западе Германии —
Социальные трения со временем усилились из-за того, что власти пытались предотвратить восстания, запретив любые сельские общественные мероприятия, как, например, народные фестивали или свадьбы. В августе 1524 года ситуация наконец взорвалась в Штюлингене в регионе Шварцвальда. Графиня потребовала от крестьян предоставить дополнительный урожай на церковный праздник. Вместо этого крестьяне отказались платить все налоги и создали армию из 1 200 человек под предводительством бывшего наемника Ганса Мюллера. Они отправились в город Вальдсхут, где к ним присоединились городские жители, а после промаршировали к замку в Штюлингене и начали его осаду. Поняв, что им нужна военная организация, они сами избрали капитанов, сержантов и капралов. В сентябре они оборонялись от габсбургской армии (бой не имел решающего значения) и позже отказались сложить оружие и просить прощения, когда от них требовали сделать это. Той осенью крестьянские забастовки, отказы платить десятину и восстания вспыхивали по всему региону из-за того, что крестьяне расширили свою политику сопротивления угнетению от индивидуальных жалоб до объединенного отказа в признании всей феодальной системы.
С весенней оттепелью 1525 года бой возобновился с еще большей яростью. Крестьянские армии захватили города и казнили большое количество представителей духовенства и дворян. Но в феврале Швабская Лига – альянс местных дворян и духовенства – добилась победы в Италии, где они боролись совместно с Карлом V. Таким образом, появилась возможность вернуть войска и направить их на борьбу с крестьянами. Тем временем Мартин Лютер, буржуазия и прогрессивные правители отказались от поддержки революционных крестьян и призвали к их уничтожению; они хотели реформировать систему, а не уничтожить её. Восстание, в свою очередь, уже значительно дестабилизировало властную структуру. В конце концов, революционная армия была решительно разгромлена 15 мая 1525 года под Франкенхаузеном; Мюнцер и остальные влиятельные лидеры восстания были схвачены и казнены, а восстанию был положен конец. Тем не менее, в последующие годы анабаптистское движение распространилось по Германии, Швейцарии и Нидерландам, крестьянские восстания продолжали вспыхивать в надежде на то, что в один прекрасный день государство и церковь будут навсегда уничтожены.