Типичным представителем Запорожья второй половины XVII века был Иван Серко, который несколько раз был кошевым атаманом. Он был талантливым стратегом, полководцем, но как дипломат принес много вреда делу освобождения Украины и в критические моменты уничтожал ее успехи. Нападением на Крым во время Конотопской победы он принудил татар покинуть Выговского и этим оставил его без помощи союзников. Серко повторил этот маневр в 1667 году во время осады Дорошенко Подгайцев, где засел Ян Собесский: нападением на Перекоп Серко принудил татар изменить Дорошенко. Последствием этой измены была капитуляция Дорошенко. А служа интересам Москвы, он в том же году разбил отряд татар, которые служили Дорошенко.
Такая «гибкая» политика Серко оттолкнула о него даже Москву, и после того, как Серко выставил свою кандидатуру в гетманы, он был арестован и сослан в Сибирь. Правда, оттуда его вскоре вернули, и он продолжал свою деструктивную и губительную игру в Запорожье, где всегда находил сторонников. Он умер в 1680 году.
Андрусовское перемирие 1667 года поставило Запорожье под совместный протекторат Польши и Москвы, но фактически Запорожье оставалось независимым. Так же было, когда после подписания «вечного мира» Москвы с Польшей в 1686 году отдано Запорожье в подданство Москвы: это подданство имело только номинальный характер и Запорожье вело свою собственную политику.
Во времена Мазепы Запорожье под началом кошевого Гордиенко стало в оппозицию к гетману, так как запорожцы противились политике Мазепы в социальных вопросах и в отношениях с Москвой. После перехода Мазепы к шведам Гордиенко, несмотря на личные разногласия с гетманом Мазепой, перешел к Карлу XII, приведя с собой 8000 казаков. Это имело огромное значение, подняв восстание Мазепы в глазах народа и обеспечив гетмана значительной военной силой.
Вследствие присоединения запорожцев к Мазепе восстали почти весь Полтавский полк, всегда тесно связанный с Запорожьем, часть Слобожанщины, Правобережной Украины. Кость Гордиенко рассылал письма всюду, где мог найти поддержку, и призывал украинцев присоединяться к шведам.
Петр решил уничтожить Запорожье. Три полка под командой Яковлева 18 апреля 1709 года взяли Пероволочну, разрушили замок и порубили около тысячи запорожцев, много их потонуло в реке. 11 мая была взята и разрушена Сечь.
Гордиенко с казаками все время был с Мазепой, участвовал в Полтавской битве, отступал в Бендеры, и остался с гетманом Орликом. Запорожцы участвовали в 1711 году в неудачном походе на Правобережную Украину. А после того пошли «под татарский протекторат» и основали Сечь в Алешках.
В Алешках было не более полутора тысяч человек, «многие тысячи людей» остались в запорожских степях. Была основана Новая Сечь.
В договоре с российским правительством говорилось, что запорожцы признают себя подданными царицы, подчиняются власти Киевского генерал-губернатора, российского генерала, и получают ежегодно 20 000 рублей платы за службу.
С самого начала Русско-турецкой войны 1768—1774 годов запорожское войско было мобилизовано и участвовало в военных действиях. Сечевики, казачество, что жило не в Сечи, казаки-батраки — все пошли на войну. 7000 запорожцев, с кошевым атаманом, бились в авангарде корпуса князя Прозоровского под Очаковом, Кинбурном, Хаджибеем. Запорожская флотилия действовала на Дунае. Военные заслуги запорожцев отмечало высшее командование. Кошевой Петр Калнишевский получил золотую медаль с брильянтами, 1000 казаков получили серебряные медали.
Последствия войны, закончившейся Кючук-Кайнарджийским миром, были очень важными для Запорожья. Провозглашение независимости Крыма от Турции и российского протектората над ним изменило положение Запорожья. Татары перестали быть постоянными, страшными врагами, с которыми шла борьба. С другой стороны — Запорожье перестало быть форпостом в борьбе с Крымом и Турцией, перестало быть барьером, который защищал Украину и Россию от татарских нападений: оно утратило свою ценность для России.
В начале 1775 года Сечь была разрушена, старшина арестована. Архив, регалии, древние иконы и другие ценности вывезены. Запорожские земли вошли в состав Азовской и Новороссийской губерний.
Разрушение Запорожской Сечи было главным событием в истории Украины XVIII века. С нею погибла сила, которая на протяжении трех столетий защищала Украину от страшных врагов, позволяла ей, благодаря этой защите, продолжать экономическую и культурную жизнь. Вместе с этим Запорожье было той силой, которая сдерживала процесс закрепощения крестьян на всей Украине, ведь там, в необъятных степях, собирались беглецы со всей Украины. В XVIII веке Запорожье всегда выступало в защиту угнетенных российским царизмом и Польшей. Поэтому понятно, что в памяти украинского народа Запорожье навсегда осталось как «степь широкая, край веселый», где каждый находил защиту и свободу» (Н.Полонская-Василенко).