14 апреля 1918 г. в советском флоте был официально введен флаг РСФСР, но над кораблями Белой армии продолжал реять Андреевский флаг. После поражения армии под командованием генерала П. Н. Врангеля осенью 1920 г. русский Черноморский флот в составе 33 кораблей ушел из Крыма в североафриканский порт Бизерту (Тунис), который тогда принадлежал Франции. В конце 1920 г. и последний боевой корабль Балтийского флота под Андреевским флагом, сторожевое судно «Китобой», совершил переход из Ревеля (Таллинна) в Тунис. В Бизерте поселилось около 6 тысяч моряков и членов их семей.
После признания в 1924 г. правительством Франции Советского Союза русский флот был затоплен вблизи Бизерты, но флаг с флагманского корабля-броненосца «Георгий Победоносец», спущенный 29 октября 1924 г., как святыня и символ русской эмиграции хранился в построенной в 1937–1939 годов русскими моряками местной православной церкви св. князя Александра Невского.
Только после падения советской власти в декабре 1999 г. флаг был перевезен из Бизерты научно-исторической экспедицией «Андреевский флаг» под руководством президента Андреевского фонда Е. П. Истомина в Санкт-Петербург и помещен на вечное хранение в кафедральный Казанский собор, у могилы знаменитого полководца фельдмаршала М. И. Кутузова. Акция передачи флага состоялась 12 декабря, а церемония его чествования войсками и водружение на почетное место в храме – 18 декабря 1999 г. Исторический Андреевский флаг был пронесен перед строем воспитанников военно-учебных заведений Санкт-Петербурга ротой почетного караула Петербургского гарнизона. Настоятель Казанского собора прот. Павел Красноцветов отслужил благодарственный молебен за возвращение символа русской воинской славы в Россию.
В последнее десятилетие у петербуржцев появилась традиция отмечать дату последнего спуска Андреевского флага в Бизерте его символическим поднятием. Так, 29 октября 1999 г. (через 75 лет после спуска) Андреевский флаг был торжественно поднят на пришедшем в Бизерту из Санкт-Петербурга парусном судне «Седов». В этой церемонии на борту корабля принимала участие старейшина русской диаспоры в Тунисе, дочь капитана одного из судов затопленной в 1924 г. эскадры А. А. Ширинская.
17 января 1992 г. постановлением правительства Андреевский флаг был возвращен в качестве официального Военно-морскому флоту России. Освящение Андреевского флага произошло 15 февраля того же года, в праздник Сретения Господня, в верхнем храме Богоявления Господня Николо-Богоявленского кафедрального Морского собора Санкт-Петербурга (что подчеркивало статус города как морской столицы России). Настоятель собора протоиерей Богдан Сойко в присутствии матросов, старшин, мичманов, офицеров и адмиралов освятил флаг Санкт-Петербургской военно-морской базы и вручил его командующему базой вице-адмиралу В. Е. Селиванову, который передал его почетному караулу, выстроенному у входа в собор.
Ныне этот освященный флаг в дни праздников реет в северной столице над главным Адмиралтейством. Первый на Военно-морском флоте России официальный подъем Андреевского флага состоялся на входящем в состав Балтийского флота эскадренном миноносце «Беспокойный». 26 июля 1992 г., в день Военно-морского флота, на всех боевых кораблях в последний раз были подняты и спущены флаги СССР. Вместо них под гимн Российской Федерации были подняты Андреевские флаги. В октябре 1996 г. в день празднования 300-летия Российского флота Андреевские флаги развевались над Москвой и Санкт-Петербургом, поднятые в небо на аэростатах. 4 января 2001 г. вступил в силу федеральный закон «О знамени Вооруженных сил Российской Федерации, знамени Военно-морского флота Российской Федерации…», закрепивший официальный статус Андреевского флага.
В последнее время обсуждается вопрос о создании на Российском флоте института корабельных священников, и, возможно, вскоре над морями и океанами снова зазвучат слова: «С нами Бог и Андреевский флаг».