В настоящее время считается, что Андреевский флаг учрежден 30 ноября/11 декабря 1699 г. Официально же Петр I утвердил военно-морской флаг только в 1703 г., после отвоевания русскими войсками у шведов устья Невы и острова Котлин. По мнению царя, Россия теперь окончательно закрепила свое влияние на четырех морях (Балтийском, Белом, Черном и Каспийском), что символизировали четыре части Андреевского флага. Крест располагался по диагонали малого прямоугольника в верхнем углу у древка или по диагонали всего полотнища. Петр писал: «Слава, слава Богу за исправление нашего штандарта, который в образе креста св. Андрея исправити благоволил».
Вскоре в образец Андреевского флага внесли исправления; в 1709 г. в таблице флагов всего мира были изображены три российских флага: белый, синий и красный с белыми крыжами (верхний угол флага), на которых имелись андреевские кресты. Белый флаг был присвоен эскадре адмирала, синий – вице-адмирала, а красный – контр-адмирала. В 1712 г. белый флаг адмирала (корде-баталии) стал изготавливаться с синим андреевским крестом по диагонали на всем поле. Составляя описание российских стягов, Петр I пометил: «Флаг белый, через который синий крест св. Андрея, того ради, что от сего апостола приняла Россия святое крещение».
В 1718 г. в храме св. апостола Андрея в Кронштадте произошло одно из важнейших событий в истории российского военно-морского флота – впервые был совершен чин освящения Андреевского флага, который стал развеваться над кораблем «Святитель Николай» и фрегатом «Орел».
В царствование императрицы Анны Иоанновны белый Андреевский флаг стал общим для всех кораблей. При императрице Елизавете Петровне снова появились три флага: синий – авангарда, белый – корде-баталии (основных сил) и красный – аръергарда. Императрица Екатерина II восстановила общий белый флаг с синим крестом апостола Андрея. Однако ее сын – император Павел вновь ввел три прежних флага, которые окончательно были упразднены только в 1865 г. По указу императора Александра III с этого времени и до конца 1917 г. корабли российского военно-морского флота имели белый Андреевский флаг.
Наиболее отличившимся кораблям присваивали георгиевский Андреевский флаг. Впервые его удостоился за действия в победном Наваринском сражении с турками в 1827 г. линейный корабль «Азов», а 1829 г. – выдержавший бой с двумя турецкими кораблями бриг «Меркурий».
После введения на флоте строевого походного обучения в 1832 г. морским частям было предписано использовать в качестве знамен кормовые Андреевские флаги на древках. Знаменные флаги также были установлены по присвоенным флотским дивизиям цветам: 1-й дивизии – синие, 2-й – белые, 3-й – красные (аналогично кормовым корабальным). 12-му флотскому экипажу, к которому был приписан экипаж корабля «Азов», полагался георгиевский знаменный флаг. В 1865 г. одновременно с упразднением флагов дивизий всем флотским экипажам указали использовать белые флаги с андреевским крестом.
За героическую оборону Севастополя в годы Крымской войны части экипажей Черноморского флота в 1856 г. были присвоены георгиевские знаменные флаги с надписью «За оборону Севастополя с 13 сентября 1854 года по 27 августа 1855 года».
Андреевские флаги специального образца имели находившиеся в Санкт-Петербурге Гвардейский флотский экипаж и Морской кадетский корпус. В частности, знамя Морского кадетского корпуса имело андреевский крест, в середине полотнища в желтом круге изображался государственный герб (двуглавый орел), а по всем четырем концам знамени – гербы корпуса и вензеля Его императорского величества.
Под Андреевским флагом совершали кругосветные плавания, открывали новые земли (в том числе целый континент – Антарктиду), шли в бой многие поколения русских моряков. Накануне сражения на кораблях обязательно проводили богослужения. Вот почему последними напутственными словами командиров кораблей к своим экипажам перед боем были: «С нами Бог и Андреевский флаг». До 1918 г. в Морском уставе было записано, что Андреевский флаг «все воинские корабли Российские не должны ни перед кем спускать».
18 ноября 1917 г. собравшиеся на съезд Всероссийского Военного флота распропагандированные большевиками революционные моряки приняли постановление: «Поднять на всех судах Всероссийского Военного флота вместо андреевского флага флаг Интернационала в знак того, что весь Российский Военный флот как один человек встал на защиту народовластия в лице Советов рабочих, солдатских и красноармейских депутатов». Упомянутый флаг Интернационала представлял собой красное полотнище без эмблем и надписей.