Пришедшие к власти в Англии индепендентские круги буржуазии и нового дворянства использовали буржуазно-дворянскую республику для подавления сил демократического крыла революции, для завоевания и порабощения Ирландии. В своей программе индепенденты не выдвигали задач ликвидации крупной земельной собственности в Англии и передачи земли крестьянам, а в отношении Ирландии они полностью поддерживали колонизаторскую позицию Долгого парламента и считали себя обязанными удовлетворить авантюристов, подписавшихся в 1642 г. на заем под обеспечение ирландскими землями. Массовая конфискация ирландских земель должна была явиться важным средством завоевания и подчинения Ирландии как колонии английской республики. Кроме того, парламент после гражданской войны не рассчитался полностью со своей армией в Англии и завоевание роялистской Ирландии открывало возможность расплатиться со многими солдатами и офицерами ирландской землей.
Была еще одна весьма важная задача. Хотя демократическое движение диггеров и левеллеров в Англии весной 1649 г. было в основном подавлено, однако парламентская армия представляла серьезную опасность для индепендентов, так как влияние демократических элементов в ней оставалось еще сильным. Отправкой ряда полков парламентской армии в Ирландию индепенденты рассчитывали отвлечь их от борьбы за демократические реформы внутри Англии, развратить солдат и офицеров жаждой обогащения. Ирландская экспедиция таким образом должна была завершить подавление левого крыла английской буржуазной революции и закрепить победу буржуазно-дворянского блока, предотвратив ее дальнейшее развитие по буржуазно-демократическому пути.
Подготовка ирландской экспедиции была начата сразу после того, как индепенденты пришли к власти. Официально она мотивировалась необходимостью нанести удар по роялистской и католической контрреволюции, центром притяжения которой стала Ирландия. Конечно, задача разгрома роялистских сил в Ирландии, замышлявших восстановление феодальной монархии в Англии, была важной для индепендентского правительства, однако ее осуществление было связано с колонизаторскими и контрреволюционными целями буржуазно-дворянских слоев, победивших в революции как Феодальную монархию, так и демократический лагерь. При этом индепенденты имели выгодную возможность замаскировать захватнические и грабительские цели своего похода в Ирландию, выдвинув задачу уничтожить это опасное для английской республики гнездо роялистов и католиков. Вследствие этого шовинистическая пропаганда против Ирландии, широко раздуваемая индепендентами, легко могла увлечь многих солдат и офицеров парламентской армии.
Для вторжения в Ирландию Кромвель выбрал удачный момент — сразу же после победы парламентской армии над войсками Ормонда при Ратмайнсе. 15 августа он высадился с основными силами своей армии вблизи Дублина и вскоре вступил в него; соединившись с армией Джонса, он осадил Дрогеду. Кровавая бойня в Дрогеде и Уэксфорде против ожидания Кромвеля не устрашила ирландцев, наоборот, она усилила их сопротивление. Наступила зима, и армия Кромвеля оказалась в тяжелом положении — она находилась во враждебной стране, а зимних квартир не было. Но стороннику Кромвеля, лорду Брогхиллу, удалось поднять в Корке, Югхолее, Кинсале и других городах мятежи против конфедератов и они открыли ворота английской армии. Кромвель получил хорошие зимние квартиры и возможность поддерживать морем связь с Англией. В марте 1650 г. после третьего штурма Кромвелю сдалась столица конфедератов — Килкенни.
26 мая 1650 г. Кромвель отбыл в Англию, чтобы принять участие в подготовке войны с Шотландией, и завоевание Ирландии продолжили генералы Генри Айртон, а затем Чарльз Флитвуд. Армия конфедератов еще не была разбита, а на занятых англичанами территориях началась народная партизанская война против захватчиков, главную роль в которой играло крестьянство. Используя поддержку местных жителей, ирландские партизаны — их называли тогда «тори» — наносили удары по английским войскам, серьезно затрудняя ведение военных действий. Карательные отряды англичан сжигали деревни, уничтожали запасы крестьян на зиму, вытаптывали посевы, косили на корню еще не созревшие хлеба, убивали скот, рассчитывая голодом заставить ирландцев покориться. «Вследствие недостатка хлеба и скота тори могут остаться без провианта и таким образом будут вынуждены подчиниться и покинуть эти места», — объясняли смысл этой тактики уполномоченные парламента. Особенно жестокой расправе подвергались партизаны.
27 октября 1651 г. английские войска взяли Лимерик — центр ирландского сопротивления в Манстере. Сопротивление в Конноте было сломлено после сдачи Голуэя 12 мая 1652 г. 26 сентября 1652 г. английский парламент объявил, что «мятежники в Ирландии подчинены и мятеж усмирен и окончился». Так было завершено «