Конфискация производилась в обстановке грубого произвола и террора в стране. Повсюду заседали суды, чинившие расправу над местными жителями за участие в «резне» протестантов. Это были военно-полевые суды английской военщины, в которых не соблюдались никакие нормы судебного разбирательства. От всех католиков требовалось представить разрешение английских властей на право проживать в определенном приходе, за нарушение наказывали как за преступление. От них требовали еще клятвенного отречения от папизма, им запрещалось собираться группами более 4 человек. Месса была запрещена, а католическим священникам в январе 1653 г. было предписано покинуть Ирландию в течение 20 дней. Скрывавшихся выслеживали с собаками и вешали без всякой пощады, власти уплачивали за это вознаграждение в такой же сумме, как и за убитого волка; за укрывательство или общение со священниками наказывали конфискацией имущества и бичеванием. Охота на католиков, скрывавшихся от преследований в горах, лесах и болотах, стала с тех пор развлечением для английской военщины и колонистов.
«Устроение» Ирландии при Кромвеле еще более разорило и обезлюдило страну. Если до Ирландского восстания земельные владения ирландцев вдвое превышали владения англичан, а их число — в пять раз, то после экспроприации при Кромвеле земельные владения англичан и шотландцев стали более чем в два раза превосходить земельные владения ирландцев, хотя их численность была в четыре раза меньше численности ирландцев. Ограбленные крестьяне в своей массе превратились в мелких, обреченных на нищенское существование бесправных арендаторов у новых английских колонистов — экспроприаторов их земель. Поэтому Ирландия во второй половине XVII в. превратилась в самую отсталую в Западной Европе страну. Таков был итог завоевательных войн и колониального режима англичан в Ирландии. В результате кромвелевской колонизации деревенское население Ирландии резко разделилось по национальному признаку и социальному положению— лендлордами стали англичане-протестанты, а жестоко эксплуатируемыми арендаторами — ирландцы-католики. В таких условиях борьба ирландских крестьян с английскими лендлордами за землю становилась основной формой их социальной, национально-освободительной и религиозной борьбы, национальное движение принимало ярко выраженный аграрный характер.
Завоеванием и ограблением Ирландии при Кромвеле индепенденты нанесли демократии в Англии сильный удар — английская революционная армия в Ирландии растеряла свои демократические идеалы и выродилась в армию колонизаторов. Из новых землевладельцев в Ирландии, созданных из английских авантюристов и командного состава армии парламента, в результате кромвелевского «устроения» этой страны и массовой продажи солдатами своих земельных владений возникла новая землевладельческая аристократия. Эти новые лендлорды сыграли важную роль в гибели английской республики и установлении военной диктатуры Кромвеля в форме протектората, они были опорой индепендептской олигархии, подавившей демократию и захватившей власть в послереволюционной Англии. Имея это в виду, Маркс писал: «Завоеванием Ирландии Крохмвель ниспроверг английскую республику». Это способствовало сохранению в буржуазной Англии крупного землевладения лендлордов, монархии и палаты лордов, т. е. ряда «
В Англии к концу 50-х годов идея реставрации монархии охватывала все более широкие круги буржуазии и нового дворянства. В стране нарастал новый революционный подъем, и эти классы в восстановленной монархии Стюартов рассчитывали найти прочное и сильное правительство, способное подавить этот подъем и обеспечить порядок в стране на основе сохранения завоеваний революции для них. Карл II вернулся по приглашению парламента в Англию и стал королем. До своего возвращения в Англию в голландском городе Бреда он подписал так называемую Бредскую декларацию, в которой обещал в Англии предоставить всем участникам английской революции амнистию, дать религиозную свободу и гарантировал неприкосновенность всех земельных владений, приобретенных новыми владельцами за годы революции.
С реставрацией монархии были восстановлены все прежние порядки управления Ирландией. Королевским наместником был назначен граф Ормонд, вернувшийся из эмиграции, как и другие крупные лидеры роялистов. Государственной церковью была объявлена англиканская церковь.