Учеба в немецких учреждениях, разумеется, сильно повлияла на формирование его отношения к научной работе. Как утверждают исследователи, Ф. Ф. Зелинский долго шел путем назначенным немецкой филологией, «целиком преданный грамматике и критике текстов». Его именовали даже «Виламовицом Востока», однако, он своевременно заметил, что его лекции по истории Греции и древнегреческому языку скучны и осознал, что надо их преподавать по другому: говорить не просто об истории культуры, но и об основных идеях древности. В более позднем творчестве он относился к филологии не академически, но гуманистически, так же как к ней относились Э. Роде, О. Крузиус и Ф. Ницше: сегодня его считают ницшеанцем – Ф. Ф. Зелинский был близок «неопаганизму» Ницше. Этот элемент его научного мировоззрения будет существенным при сравнении с А. Ф. Лосевым, которого также считают ницшеанцем.
Работы об античной комедии («О синтагмах в древнегреческой комедии», 1883; «О дорическом и ионийском стиле в древней аттической комедии», 1885 – рецензии были написаны Э. Роде) повлияли на его профессорскую карьеру в Петербургском Императорском Университете (1887, проработал там 36 лет). Ф. Ф. Зелинский стал также членом-корреспондентом Российской Академии Наук и руководил исследовательскими и студенческими экспедициями в Италию, Грецию и Северную Африку. Стоит отметить, что в одной из таких поездок принял участие будущий театральный режиссер Всеволод Мейерхольд. Любопытно, что кроме работы в Петербургском университете и в научных центрах Афин и Рима, он также читал лекции на Высших женских курсах по творчеству самого крупного польского поэта А. Мицкевича – интерес к которому когда-то укоренил в нем отец. В конце 1920 г. по приглашению Варшавского университета начал работать в Польше и стал профессором этого университета: руководил кафедрой классической филологии, читал лекции по религиоведению, античной культуре, организовал также студенческий кружок «любители античности». Фаддей Францевич знал, что это самый лучший способ разбудить интересы молодых исследователей, ведь раньше он сам принадлежал к такому кружку. Среди его польских учеников были в частности: Стефан Сребрный, Лидия Винничук, Казимеж Куманецкий (
В Варшаве Ф. Ф. Зелинский жил очень скромно, поселился в университетском флигеле вместе с дочерью Вероникой, которая, несмотря на собственное сердечное заболевание, заботилась о пожилом отце. Невзирая на плохие условия, он восторженно относился к новым обязанностям и положению. Как коллеги-ученые, так и студенты, которым он организовал внеклассные занятия и экскурсии, были в восхищении от Ф. Ф. Зелинского. Один из современных польских антиковедов Ежы Аксер утверждает, что «в Варшаве навсегда запомнили его мощную фигуру в артистической пелерине и широкой шляпе». В сентябре 1939 г. в Варшаве артиллерийский снаряд спровоцировал пожар в здании, где жил Ф. Ф. Зелинский, восьмидесятилетнего старика вынесли на носилках, а вся его библиотека сгорела. Важно подчеркнуть, что это случилось во второй раз, первый случай произошел в Петербурге, когда река Нева залила университетские подвалы.
Последние годы жизни Ф. Ф. Зелинский провел в Шондорфе (Германия, Бавария) вместе с незамужней дочерью Вероникой и сыном Феликсом, который стал похож больше на немца, чем на поляка. Начиная с 1939 г., Ф. Ф. Зелинский начал писать автобиографию на немецком языке. Сегодня ее можно читать также на польском и русском языках. В воспоминаниях Ф. Ф. Зелинский рассказывает подробно о своей жизни и происхождении. Именно в Шондорфе похоронены Фаддей и его дети: Вероника, Феликс и Карин. Здесь находится также памятник в честь Ф. Ф. Зелинского.
О жизни, мировоззрении и личности польского ученого известно не только из автобиографии, но также по воспоминаниям его родственников. Стоит заметить, что его семейные отношения были довольно сложные. Фаддей Францевич был женат дважды, от первого брака с сестрой его друга Луизой родилось четверо детей: Амата, Корнелия и уже упомянутые Феликс и Вероника. Корнелия вышла замуж за японца и жила в восточных странах. Судьба Аматы оказалась менее благополучной – ее замучили в Беломорско-Балтийском лагере (том самом, куда был сослан и А. Ф. Лосев в апреле 1930 г.). Возможно, что это именно она является героиней-пианисткой рассказа Алексея Фёдоровича «Встреча».