Второй брак с Софией Червинской, дочерью довольно известного деятеля земской статистики Петра Петровича Червинского, был заключен в 1910-1911 гг. От него родились две дочери: старшая Тамара и младшая Ариадна. Сегодня, в Ростове-на-Дону живут внуки Зелинского, сын Тамары – Петр Петрович Червинский, который стал профессором славянской филологии в Силезском Университете в Катовицах (Польша), а также дети Ариадны – Олег Лукьянченко, писатель, и Лариса, которая занимается музыкой. Можно еще упомянуть о внебрачном сыне Адриане Пиотровским (его мать Вера Викторовна Петухова), признанном переводчике греческого и латинского языков.
Внуки Ф. Ф. Зелинского: А. Червинская и О. Лукьянченко публикуют свои воспоминания о деде. В журнале «Ковчег Кавказа» можно прочитать отрывки мемуаров Ариадны, начале она подробно рассказывает об истории своей жизни, сложной судьбе и тридцатисемилетней разлуке с отцом – начало которой датируется на 1922 г., когда Зелинского пригласили в Варшавский университет. София, мать Ариадны, воспротивилась поездке в Польшу, осталась с дочерью в Полоцке, в Белоруссии. Там работала в Полоцком Спасо-Евфросиниевском монастыре как учительница, однако большевистская власть скоро закрыла монастырь и построила на этом месте военный городок. Монахиням пришлось уехать, и София решила связать свою судьбу с ими – это значило тяжелую, физическую работу: думается, что мать и дочери проходили тогда «школу жизни». Ф. Ф. Зелинский ни о чем не зная, продолжал писать письма, слать подарки, но т. к. политическая ситуация изменилась, то опасно было иметь родственников за границей. Софя решила поменять фамилию Зелинская на свою девичью фамилию – Червинская. В то время положение немного улучшилось и сестрам разрешили учиться. В 1935 г. Ариадна стала студенткой биологического факультета Воронежского государственного университета, познакомилась со студентом музыкального техникума из Ростова-на-Дону, который уговорил ее переехать к себе. Ариадна продолжила учебу в РГУ. Она уделяла большое внимание работе на кафедре биохимии. Благодаря второму мужу, который помог ей вернуться к науке она стала кандидатом биологических наук. Важно упомянуть, что ее мать и сестра Тамара жили около Воронежа в ужасных условиях. Ариадна по мере возможности помагала им. Ее сын Олег Лукьянченко, довольно известный советский писатель, в одном из своих очерков опубликованном в «Новой Польше», пишет о «семейной драме дочери и отца, которые обречены были жить в разлуке».
Возвращаясь к личности Ф. Ф. Зелинского необходимо подчеркнуть, что он известен, прежде всего, как филолог-классик и человек исключительной эрудиции в области античного мира. Его научные переводы сочинений Софокла (по мнению Н. М. Бахтина, самый драгоценный дар Ф. Ф. Зелинского), Цицерона, работы по античной религиозности, научно-популярные книги читаются очень хорошо (по крайней мере в Польше).
Мыслителю мы обязаны тем, что можем восхищаться его трудом под названием «История античных религий» (работал над ним до последних дней жизни). Он состоит из глав: «Древнегреческая религия», «Религия Эллинизма», «Рим и его религия», «Римская империя и христианство» (на польском языке издан в шести томах:
Польский ученый был последовательным сторонником психологического метода исследования, который находил свое отражение в способе организации дидактической и педагогической работы. К дидактическому процессу он относился очень серьезно. Воспитание, классическое образование и популяризация античности среди молодежи были для него очень важны, поэтому он уделял много внимания этим вопросам – известно, например, что ученый был сторонником классических гимназии. Об этом он говорил во время лекции в Петербургском Университете в 1901 г. (польск. изд.