Во-первых, из легенды следует, что колония выводилась в Пантикапей централизованно под руководством ойкиста, под которым скрывался безымянный мифический сын царя Ээта. Ведь Ээт, по преданию правивший в Колхиде, а согласно римской версии и над всеми понтийскими племенами, был связан с аргонавтами, с легендарным плаванием которых эллинская мифологическая традиция соотносила основание многих греческих колоний. А ойкисты – основатели греческих колоний стремились предстать в глазах переселенцев храбрыми и бесстрашными героями, подобными тем, которые плавали в Понт за золотым руном. Впоследствии реальные события были переработаны в греческой новеллистической литературе в увлекательные романы о роли причерноморских варваров в жизни эллинов. Во-вторых, упоминание скифского царя, якобы предоставившего грекам место для поселения, показывает, что скифы накануне прихода греков имели влияние и даже господствовали на берегах Керченского пролива. Это вполне согласуется с указанием Геродота о зимних перекочевках скифов по льду пролива из Восточной Таврики на азиатский берег в Синдику (IV. 28). Хотя скифского земледельческого населения в окрестностях милетской апойкии в Пантикапее не было, Восточная Таврика попала под власть скифского вождя или царя – предводителя одного из кланов царских скифов-номадов. К началу регулярной греческой колонизации Восточная Таврика находилась в сфере их влияния, что накладывало отпечаток на взаимоотношения с греками и в течение какого-то времени служило препятствием для их появления. Поэтому греки первоначально высадились не в Пантикапее и даже не на противоположном берегу пролива, а значительно восточнее – на побережье Меотиды в районе современного Таганрога, где в третьей четверти VII в. до н. э. появилось поселение, вошедшее в науку под названием Таганрогского, но в древности называвшееся Кремнами.
Появившись в Пантикапее, милетяне вступили в переговоры со скифским царем, который выделил им землю для основания колонии. В раннюю эпоху Пантикапей был окружен скифскими владениями, поэтому в отличие от Ольвии и Борисфениды не мог стихийно заселять территорию в глубине полуострова, ибо испытывал своеобразную стенохорию, что заставляло осваивать лишь небольшой клочок земли на склонах и у подножия горы Митридат. В самом начале V в. до н. э. на акрополе Пантикапея возник ряд построек общественного назначения и мощная оборонительная стена, защищавшая центральную часть города. О существовании более ранней стены мог бы свидетельствовать открытый в 1949 г. на Эспланадном раскопе развал крупных каменных глыб в виде остатков циклопической кладки, истолкованный как забутовка оборонительной стены города, но такая интерпретация в настоящее время оспаривается. Как бы то ни было, появление к концу VI – началу V в. до н. э. наземных домов, в том числе многокамерных, монументального здания – толоса с участком и системой помещений вокруг него, формирование улиц и городской планировки говорят о том, что к этому времени Пантикапей стал типичным греческим полисом.
На рубеже первой-второй четверти VI в. до н. э. на противоположном берегу залива возникла другая милетская колония – Мирмекий. Как и жители раннего Пантикапея, первопоселенцы там вначале обитали в землянках. После сильного пожара, вызванного, очевидно, нападением скифов в середине VI в. до н. э., примерно в третьей четверти этого столетия, они обнесли свое поселение достаточно мощной каменной оборонительной стеной, хотя переход к каменному домостроительству произошел там только в начале V в. до н. э. Чуть севернее Мирмекия, близ современной паромной переправы на Тамань, был основан Порфмий и еще один небольшой городок Парфений. Длительное время предполагалось, что Порфмий возник не ранее конца VI в. до н. э. Обнаруженные не так давно остатки оборонительной стены, возведенной не позднее второй половины VI в. до н. э., к тому же в технике, близкой мирмекийской, удревняют дату основания города до первой половины столетия. Столь раннее появление этих городов исключает возможность выведения туда колоний из Пантикапея. Очевидно, как и при заселении Нижнего Побужья, колонисты из Милета селились на довольно больших участках побережья пролива. Но если в Северо-Западном Причерноморье основание ранних поселений происходило стихийно, как бы «кустами»-ойкосами, то в Восточную Таврику апойкии выводились централизованно и довольно рано обрели оборонительные стены.