В период с 1118 по 1120г. им был написан трактат «О единстве и троичности Бога, или Теология Высшего блага» (Theologia
Summiboni). В 1121 г. состоялся поместный собор в Суассоне, где Абеляра обвинили в нарушении монашеского обета, которое выразилось в преподавании в мирской школе, более того, в преподавании теологии без церковного разрешения. Однако фактически предметом разбирательства был трактат «О единстве и троичности Бога», направленный против номинализма Иоанна Росцелина и реализма Гильома из Шампо. По иронии судьбы Абеляра обвиняли именно в номинализме: в его трактате якобы отстаивалась идея троебожия, в чем Абеляр обвинял Росцелина. Трактат о Троице как еретический был самолично сожжен Абеляром без публичного разбирательства.После осуждения Суассонским собором Абеляр несколько раз был вынужден менять монастыри, полагая, что монахи ведут там вовсе не монашескую жизнь и, естественно, вызывая неудовольствие братии, а в 1136 г. вновь открыл школу на горе св. Женевьевы. За это время он написал несколько вариантов «Христианской теологии» (Theologia
Christiana), «Да и нет» (SicetNon), «Диалектику», «Комментарии к „Посланию к Римлянам"» (ЕхроsitioinEpistolamadRomanos), «Этику, или Познай самого себя» (EthicaseuliberdictusScitoteipsum) и др. В 1141 г. против его теологических идей Бернардом Клервоским был созван собор в Сансе, который обвинил его в арианской, пелагианской и несторианской ересях. После собора Абеляр отправился в Рим с апелляцией, по дороге заболел и последние месяцы жизни провел в монастыре Ключи, где писал «Диалог между Философом, Иудеем и Христианином» (DialogusinterPhilosophum,JudaeumetChristianum), оставшийся незаконченным. Папа ИннокентийIII утвердил приговор собора, тем самым обрекая Абеляра на вечное молчание. Его трактаты были сожжены в соборе Св. Петра в Риме. Приговор над ним, однако, не был приведен в исполнение: за Абеляра ходатайствовал клюнийский аббат Петр Достопочтенный, который выступил посредником между ним и его судьями, добившись примирения. Абеляр умер 21 апреля 1142 г. в монастыре св. Марцелла близ Шалона.