Под новый год — 31 декабря — "Куникава-мару" вышел в обратную дорогу к Шортленду (с заходом на Трук), где его снова встретили бомбёжки, которые начались на следующий день после его прибытия и продолжались 17 и 18 января. 20- го он снова попал под бомбёжку, а 29-го сдал остатки своей авиагруппы на гидроавианосец "Камикава-мару", после чего отправился на ремонт в Йокосука (прибыл 12 февраля).
Тем временем сводная авиагруппа "Куникава-мару" и "Камикава-мару" продолжала действовать. Правда, с ростом американского превосходства в воздухе приходилось переходить на полеты ночью, но и они оказывались довольно эффективными. Урон от пары 60-кг бомб, сброшенных на затемнённый аэродром Хендерсон-Филд, был, конечно, небольшим, но сам факт бомбёжек вызывал соответствующую реакцию на земле, в результате чего весь март 1943 г. спокойный сон для американских солдат вокруг аэродрома был роскошью.
Впрочем, не чурались японцы и дневных атак: так, 23 марта три гидросамолёта атаковали мыс Лунга (о. Гуадалканал) и гавань Тулаги (о. Флорида), 25-го два гидросамолёта атаковали гавань Тулаги, 27-го одиночный самолёт атаковал мыс Эсперанс (о. Гуадалканал). Американцы смогли найти базу японских гидросамолётов, и 29 марта 6 американских истребителей (5 Р- 38 из 70-й истребительной эскадрильи ВВС и 1 F4U из VMF-124) атаковали гидроаэродром у острова Попоранг возле Шортленда. При этом 8 F1M2 были сожжены и ещё 3 — повреждены.
Весной 1943 г. командование японского флота произвело реорганизацию гидроавиации в районе Соломоновых островов: 15 апреля поредевшие авиагруппы гидроавианосцев, сведённые до того в Соединение гидроавиации "R", стали 938- й авиагруппой флота. При этом 11-я дивизия авианосцев была расформирована, а "Куникава-мару" и "Камикава-мару" были приданы Флоту Юго-Восточного района. Дальнейшая карьера "Куникава-мару" была весьма небогата на интересные события. После окончания ремонта он покинул Йокосука (16 марта) и снова отправился к Шортленду. 8 апреля гидроавианосец вернулся в Йокосука, где загрузил самолёты, и 14-го отправился в Рабаул (с заходом на Трук), куда прибыл 28-го. 3 мая "Куникава-мару" снова отправляется в Йокосука (с заходом на Трук), куда прибыл 15-го. При этом 9 мая на переходе Трук-Йокосука (в 02:11, вскоре после выхода из Трука) в нос и корму корабля с правого борта попали 2 торпеды — скорее всего, выпущенные подлодкой "Планджер" (SS179). Эти попадания могли стать смертельными, но, к счастью, обе торпеды не взорвались. Ответная пальба артиллеристов "Куникава- мару" по вероятному месту нахождения подлодки результатов также не принесла. 1 июня корабль снова повёз самолёты в Рабаул, куда прибыл 13-го числа (после небольшой остановки на Труке). 30 июня он прибыл в Йокосука и ровно месяц спустя вернулся в Рабаул с грузом самолётов. После их выгрузки "Куникава-мару" немедленно был отправлен в обратную дорогу (вышел из Рабаула 30 июля, прибыл в Йокосука с заходом на Трук 12 августа). 15 сентября он снова отправился из Йокосука в Рабаул (прибыл 4 октября), перевозя имущество и 12 гидросамолётов 501-й авиагруппы флота. 16 октября корабль вышел из Рабаула к островам Палау, после чего вернулся в Японию (прибыл в Саэки 6 ноября).
Служба "Куникава-мару" в качестве гидроавианосца закончилась ещё 1 октября 1943 г., когда приказом по внутренней службе №2038 он был исключён из списков флота. В тот же день приказом по внутренней службе №2041 судно "Куникава-мару" внесли в списки флота как военный транспорт (приписка к ВМБ Курэ осталась без изменений). К тому времени для японской морской авиации манёвренная война была уже делом прошлого, на Тихом океане была создана достаточно развитая сеть гидроаэродромов, а вот потери транспортов всё росли.